目前，随着我国深化医药卫生体制的改革，公立中医医院的改革正在全面推进。《中共中央 国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》提出 “进一步完善医疗服务体系。坚持非营利性医疗机构为主体、营利性医疗机构为补充，公立医疗机构为主导、非公立医疗机构共同发展的原则。”“坚持公平与效率的统一，政府主导与发挥市场机制作用相结合。强化政府在基本医疗卫生制度中的责任。”笔者运用经济学理论对中医医疗机构改革作如下思考：
从“经济人假设”看，中医医院应属于“经济人”单位。公立中医医院是政府举办的中医医疗机构，承担国家办中医的职责，必须坚持公益性原则。同时，公立中医医院也是从事中医医疗服务的经济运行体，尽管不以营利为目的，但是公立中医医院必须按照经济运行规律保证正常运行。取消药品加成后，打破了“以药养医”传统模式，医院收入包括医疗服务收入、医疗检查收入、药事服务费、财政补助等。按照经济学成本收益方法，公立中医医院经济运行中需要用收入弥补成本。只要我们承认公立中医医院是经济运行体，就不可否认有利益最大化倾向，只不过在保证公立中医医院正常运转前提下获得正当“利益”，医院收益可以通过重新再投入，保持医院的可持续发展，需要依靠政府规范公立中医医院运行机制，体现公立中医医院公益性。
从“资源有限假定”看，中医药是我国独具特色的卫生资源，也是医疗服务中稀缺有限资源。中医药临床疗效确切、预防保健作用独特、治疗方式灵活、费用比较低廉，中医药越来越显示出独特优势，人民群众对中医药健康需求不断提高。一方面，我们要看到中医药的卫生资源特殊性，需要政府扶持和保护；另一方面，要看到中医药服务受到经济因素影响，需要通过市场机制调节价格均衡。2009 年《国务院关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》提出：坚持中西医并重方针，充分发挥中医药作用，进一步扶持和促进中医药事业发展。国家从制度层面上实施扶持和保障性措施，在投入政策上予以倾斜，有利于将中医药资源优势和知识优势转化为产业优势和经济优势。国家发改委等发布《改革药品和医疗服务价格形成机制的意见》指出“从我国医药产业发展现状和医疗服务特点出发，充分发挥价格杠杆调节作用，合理调控药品和医疗服务价格。”按照经济学的均衡分析方法，中药和中医医疗服务价格制定要体现市场供求规律，除国家基本药物目录中药品种和基本中医医疗服务项目实行政府指导价格外，应当由市场供求决定价格，促进市场竞争机制形成，提高中医医疗机构运行效率和服务质量。例如，中药饮片的价格随着市场供求波动，专家特需门诊医疗服务费体现知名中医专家的服务和技术价值。公立中医医院应当充分利用中医药资源稀缺性，发挥中医药特色和优势，探索中医医院建立小综合大门诊办医发展模式，一定能够在公立医院改革中立于不败之地。
从“保护私有财产权假定”看，在法律上，民营举办的中医医院、门诊、诊所应属于私有财产，受到法律保护。在政策上，国家鼓励和引导社会资本举办医疗机构，消除非公立医疗机构发展障碍，形成多元化办医格局。随着深化医药卫生体制改革不断深化，民营中医医院不断发展壮大，对于公立中医医院起到了有益的补充作用，非公立中医医疗机构与公立中医医疗机构共同构成了中医医疗服务体系。按照经济学帕累特标准，公立中医医院与非公立中医医院、诊所等在卫生医疗服务体系中发挥着各自功能，按照区域卫生规划和中医医疗资源确定中医医疗机构的功能定位，按照提供中医医疗服务要素分配收益，各得其所，达到等价交换目的。由于中医个性化治疗方式，国家鼓励有资质的中医专业技术人员特别是名老中医开办中医诊所或个体行医，非公立中医医疗机构在医保定点、科研立项、职称评定和继续教育等方面，与公立中医医疗机构享有同等待遇，为等价交换提供了良好政策环境，为非公立中医医疗机构的“私有财产”起到了保护和支撑作用。
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