中药药效物质基础研究是中药现代化研究的基础和关键。而目前中药(包括中药材、饮片、中成药)有效物质基础不清，导致中药炮制原理不统一，有效成分易流失；中药质量难以控制；中药药理机制不明确；缺少以中医理论指导的药理模型，因此不能正确评价中药药效；对照品供应严重缺乏。这其中最关键的原因是，支撑相关研究的“中药药效物质基础”研究太薄弱。
传统中药作用机理研究方法背离了中医药核心思想, 割裂了中药众多成分之间的有机联系, 不能体现出中药多成分、多靶点协同作用特色。对中药复杂体系的研究应该由分子生物学转变为系统生物学，再进一步发展新的组学技术，定性与定量相结合，发展多种数据挖掘技术，建立大规模数据库，整合多组学数据。
因此，建议关注中药成分－药性－生物学功能－疾病的关联性；重视中药活性成分生物合成途径的研究；关注经典中药成分生物活性的再认识；从组学的角度探讨中药成分的协同作用；重视活性中药成分的分子作用机制研究；鼓励具有原创性的研究，特别是理论上的突破和方法学创新；加强基础与临床的结合，加强应用上的转化。要重视学科交叉，将化学与生物学研究紧密结合；建立各实验室共享生物活性筛选模型的机制；建立中药样品库，促进我国创新药物的发展。
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