在民族医标准化方面，内蒙古自治区是最早实施标准化项目，同时也是投入人力、财力最大的民族自治区。蒙医药标准化建设是蒙医药发展史上一个具有“里程碑”意义的工作。 《蒙医病证诊断疗效标准》由内蒙古卫生厅组织实施，同时由国家中医药管理局作为标准化项目立项。内蒙古卫生厅蒙中医药管理局很好地完成了第一轮蒙医药标准化项目《蒙医病证诊断疗效标准》，在全区乃至全国 8 省区蒙医医疗、科研机构广泛使用，在临床、科研、教学中发挥了重要的作用，在这两年蒙医医疗机构等级医院评审工作中亦发挥了不可替代的作用。
内蒙古自治区食品药品监督管理局承担的蒙医药标准化建设项目《内蒙古蒙药制剂规范》（第一册）是内蒙古自治区成立 60 年来的第一版蒙药制剂规范。
《内蒙古蒙药制剂规范》按照《中国药典》2005 年版标准要求起草，坚持“使用安全、疗效可靠、工艺合理、质量可控、标准完善”的原则，在广泛吸收先进技术和实验方法的基础上，采纳了《中国药典》要求的药品质量控制方法和技术，同时增加了鉴别、检查及含量测定等新的内容，并对体例、文字、单位和符号等格式内容进行了规范。现内蒙古自治区食品药品监督管理局正开展《内蒙古蒙药制剂规范》（第二册）的编写工作。
内蒙古医学院建立了GLP实验室，开展了一定的标准化研究工作。内蒙古自治区蒙医药标准化项目—内蒙古医学院重大科技专项：《蒙药炮制规范化研究》、《蒙药指纹图谱研究》、《蒙药质量标准化研究》作为庆祝内蒙古自治区成立 60 周年献礼项目，纷纷出版。
目前，又启动了第二轮蒙医药标准化项目建设。包括《蒙医护理常规技术操作规程》、《蒙药标准彩色图谱》、《蒙医针刺穴位体表定位标准》、《蒙医灸疗穴位体表定位标准》、《蒙医放血穴位体表定位标准》、《蒙医传统整骨技术操作规范》、《蒙医病证诊断疗效标准汉译》、《蒙医名词术语标准》、《蒙医传统疗术技术操作规范》等。另外，结合蒙药研发的基础性标准也已列入规划。
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