应当指出的是，经方在发展过程中，受到过多次的干扰，章太炎曾对陈存仁说过含意深长的话：“中国医药，来自实验，信而有征，皆合乎科学，中间历受劫难：一为阴阳家言，掺入五行之说，是为一劫;次为道教，掺入仙方丹药，又一劫;又受佛教及积年神鬼迷信影响，又受理学家玄空推论，深文週内，离疾病愈远，学说愈空，皆中国医学之劫难。”因而亦高度称赞《伤寒论》为“吾土辨析最详”之著作，认为“中医之胜于西医者，大抵《伤寒》为独甚。”并指出其主要原因是“不用五行六气”，而主要用八纲。章太炎的研究对我们认识中医史、经方医学史有重大参考价值。
由《伤寒论》全书看，经方的理论主要是八纲和由八纲发展成六经辨证理论，临床主要是以八纲分析患者出现的症状，辨清六经所属，进一步结合痰饮、瘀血、津液、阳气、饮食、积聚等病因理论，辨清具体的方证，而落实治用具体的方药，这即是经方辨证论治的辨八纲、辨六经、辨方证及方证对应理论。
经方辨证论治是应用方证的经验总结
经方辨证论治的起源，当追溯于上古神农时代先民们日常生活中对大自然的认识，即用八纲(表、里、寒、热、虚、实、阴、阳)认识疾病、药物等。八纲是神农时代的基本常识。那时虽没有文字，但这些认识经口传心教留传于后世，待有文字后即被记载下来，其代表著作即《神农本草经》，该书记载的365味药，实是经方发展史上的单方方证。由单方方证进一步发展，出现了复方，记载复方方证经验的代表著作是《汤液经法》，其主要理论是八纲。发展至汉代，对病位概念进一步细化，即“量疾病之浅深”由表、里增加了半表半里概念，因而产生了完善的六经辨证理论，其代表著作即《伤寒杂病论》。
从经方发展史可知，经方辨证论治的形成，实际是临床应用方证的经验总结，即由单方方证发展至复方方证，并由于方证的经验积累，理论应用由八纲辨证发展至六经辨证。
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