《黄帝内经》比较全面地阐述了中医学理论体系和学术思想，为中医学发展奠定了基础，历代医家尊之为“医家之宗”。它同中国其他传统文化一样，走的是一条“经典引申式”的发展模式。它构建的中医学术体系的框架，确定的基本概念，形成的理论规范以及思维方式、临床大法和临床诊疗原则，在中医学发展过程中发挥着重要作用。
独特的医学理论
1、人体观：“气”具有无限的生命力
关于生命的起源及其主宰，最初多归于“神仙”“天帝”的创造，因而对许多自然现象，如日月、山川、雷电、雨雪、干旱、疾病、死亡等无法解释时，就认为是神仙、天帝的主宰，鬼神的作祟，这是人类早期产生的一种宗教迷信观念，历史上称之为“神权时代”。当时人们的思想为鬼神所统治，因而在原始社会末期，专管祈祷、祭祀的“巫”，也就应运而生。他们把人们幻想中的“神”，加以人格化，并吸取了一定的医药经验和知识，以能和神鬼相通的姿态，用迷信魔术的方法替人治病，这就把人的生命以及病、死归之于神鬼主宰的一种表现。
自宇宙本根认识论的“精气论”，以及解释自然变化的朴素唯物辨证法的阴阳五行学说出现，特别是在春秋战国时期的盛行，人们开始对宗教迷信的神鬼观念产生了怀疑，不相信有超自然的神鬼主宰，开始按自然界本来面目，来认识解释自然界的各种自然现象，并把生命科学领向唯物论的领域。唯物主义的“精气”为万物本根的学说，是战国后期稷下道家提出来的。他们认为宇宙的本源即“精气”，宇宙万物都是由精气产生的，它是一种构成万物的极细微的物质元素。由于精气论在医学领域中的渗透，因而万物由气构成的观点也就必然在内经中反映出来，《黄帝内经》理论不仅认为“气”是物质性的，而且认为“气”具有无限的生命力。
在“人与自然相参”思路的指引下，《黄帝内经》把人放在宇宙自然中来考察，认为虽然万物之中人最贵，但人也是大自然的产物和有机组成部分，因而提出“生气通天”的论语，即人体的生命活动（生气），与自然界（天）密切相关，形成了天人相互联系、相互制约的生命整体观，较之割裂人与自然有机联系的医学观念更符合生命活动的客观过程。在古代哲学精气论、“道（形而上者谓之道，无形象的）——器（形而下者谓之器，有形象的）”观点的影响下，《黄帝内经》将人视为精气聚合、离散之器，生命现象是精气升降出入运动的过程和结果，因而人们并不注重研究其形质结构之器，而是从整体机能活动的方式、方法及其相互联系的“道”的方面，研究生命过程及其机制与规律，提出人“以四时之法成”的生命机能结构学说，“阴平阳秘”、五行生克制化的生命机能稳态学说，“奇恒”、“回转”的动态生命过程学说，较之从解剖形质探索的生命活动及其医学应用在方法学上各据一隅，在医学理论内涵上差异很大，在科学价值上各有千秋。
2、疾病观：以整体功能失调作为判断核心
关于疾病的概念，《黄帝内经·玉机真脏论》说：“天下至数，五色脉变，揆度奇恒，道在于一。神转不回，回则不转，乃失其机。”“一”就是有序、和谐与统一，其关键在于神气正常运转，而这种有序、和谐的破坏，即神回失机，就是疾病，后世医家从阴阳角度概括为“一阴一阳之谓道，偏阴偏阳之谓疾。”（元代李鹏飞《三元延寿参赞书·欲不可绝》）。因此，凡饮食起居、情志思维等一切身心活动反生理之常者，均可使阴阳失调而致病。它不以形质结构及其物量变化的超标作为衡量疾病与健康的单一标准，而是更强调整体机能的紊乱与失常。
关于疾病的发生，《黄帝内经》以“邪正相争”阐明其机制，提出六淫疫邪侵袭，饮食、劳伤与七情失调概括其致病方式，从致病因素与机体抗病能力相互作用的结果审求其病理意义的病因学、发病学理论，即“审证求因”。它既注重异常因素的致病作用，更强调机体对致病因素的反应，并从人体反应的类型作为治疗依据。
关于疾病变化的机制，《黄帝内经》着眼于宏观、动态地分析其整体机能失调的方式、状态和过程，提出了以脏腑、经络、气血津液病变为基础的表里出入、寒热进退、邪正虚实、气血运行紊乱和疾病传变等理论，成为临床诊病论治的基础。《黄帝内经》的病理观以整体功能失调。
3、疾病防治观：因时而异、因人而别
在疾病观基础上，《黄帝内经》提出审机论治的诊治原则，是辨证论治的学术之源与雏形。审机，就是审察病机，通过对临床病症的搜索、整理、分析、综合，确定其病变本质，即是对疾病过程中致病因素与机体相互作用所产生的整体机能失调病候本质的概括。因时而异、因人而别，作为诊断过程，后世演化为“辨证”，于是“证”成为诊断概念和治疗对象，因而中医治疗学的基本特点是整体机能的动态、综合协调。
中医论治将治疗个体化，强调治患病之人；提倡各种方法配合应用，强调综合疗法；它的逆从求本、标本缓急、病治异同以及虚实补泻、寒热温清、因势利导等治则，颇似系统调控方法。这种治疗观念和思路，在人与病上，更重视人；在病体的整体与局部、机能与形质上，更重视整体、重视功能；在病变的共性和个性上，更重视共性。对于疾病的预防，《黄帝内经》在其发病观基础上，提出以增强体质为核心的健身防病思想，并与追求健康长寿的理念结合起来，制定了外以适应自然变化、内以促进机体抗病能力、协调能力的养生原则，有效指导了各种自我健身法的实施。
方法学特征
中西医学术体系的差异，根本在于研究方法的不同。中医学术体系在方法学基本特征。
1、基本概念功能化：从功能角度把握生命规律
人们认识生命奥秘，首先从生命现象入手。在医学理论形成初期，东西方都以解剖作为研究手段，如《黄帝内经》就有“其死可解剖而视之”的记载。但如何把生命现象与解剖内脏器官相联系，没有先进仪器和精密测量方法，是不可能做到的。直至近代，观察手段的改进，如使用显微镜等，才将解剖形态结构与生命现象直接联系起来，形成西医学基础理论。
但在中国古代并非如此，古人采用当时盛行的自然哲学方法：象数思维方式，对生命之象及与其相联系的各方面进行观察，然后把“共相”提取出来进行分类，用象征性符号、图像或有代表性的具体事物表达，进而以类相推，探讨生命现象的机制。如《黄帝内经·五脏生成论》说：“五脏之象，可以类推”，王冰解释说：“象，谓气象也，言五脏虽隐而不见，然其气象性用，犹可以物推之，何者?肝象木而曲直，心象火而炎上，脾象土而安静，肺象金而刚决，肾象水而润下。”这里的木火土金水只是象征性符号，它所表征的五脏的“气象性用”即其功能特性，其本质是基于外在相关生命现象而存在的体内生理功能的类整合，不能也不必与体内解剖脏器相应。
所谓辨证即辨别人体病理性综合功能状态，对病理性功能状态进行综合调节，因此不能期望中医诊断出病菌，更不能单纯以现代解剖脏器组织的异常与改善作为判定中医疗效的标准。这虽然隐含中医作为应用科学技术的缺憾，但也有其优势。它从功能上、宏观而综合地进行调节的论治思路与方法，对于多系统、多脏器、多组织的复杂病变，精神系统、内分泌系统、免疫系统以及病毒性、功能失调性、原因不明的病变等，均显示出不凡的疗效。
2、理论模式整体化：从整体角度把握生命规律
与西医在知性分析指导下割裂联系进行实验观察，然后还原其联系的研究思路与方法不同，中医学的整体观念源于包括对生命现象在内的自然、社会的直接、总体观察。“天人一体”“形神一体”和“心身一体”的观念就是古人观察到人的生命活动与其生存环境、生命能力与躯体形骸之间、精神心理与躯体生理之间有着密切关系；《黄帝内经》有“生气通天”的著名论断，因而中医五脏不仅维持体内生理环境的协调，同时还有时空的内涵，主司人体适应自然界季节昼夜、方域水土的调节功能，故《黄帝内经·宝命全形论》有“人以四时之法成”、《黄帝内经·刺禁论》有“肝生于左，肺藏于右”之说；体现人体生理、心理、躯体的有机联系，《黄帝内经》则有五脏主五体、藏精、舍神的理论，所以五脏即“五藏”，又称“五神脏”。于是，五脏成为人体联系内外、协调心身的生命活动中枢，是中医整体观在基本概念的集中体现。
3、理论表达动态化：从运动角度把握生命规律
中医学从运动变化角度把握生命规律的学术特征，主要体现在三个方面：
一是医学概念具有时间内涵。《黄帝内经·金匮真言论》说“五脏应四时”是指五脏应时而旺，乃人体精气随季节递迁而流转消长过程中四个阶段功能整合的体现，即《黄帝内经·藏气法时》篇之所论。因而凡提及肝脏，不仅知其为藏血主疏泄之脏，还应联系人体之春生、春病。
二是医学理论明确表述生命运动变化原理。《黄帝内经·玉版论要》说：“道之至数……神转不回，回则不转，乃失其机。”中医学在观念上认为有序运动变化是生命存在的基本形式，而在理论的表达形式上，尽管它使用的传统文字、术语需要诠释，但其表达的生长壮老已生命过程、脏腑经络气血升降出入运动机制与规律的含义是显而易见的。
三是辨证论治体现中医诊治动态观。证是疾病过程中阶段性病机模式，它虽有一定稳定性，但随病变而变；同时证本身的形成与内外环境的时序流转也有密切关系，如外感邪气形成、致病特点及病症种类时效性很强；内伤病症与患者年龄变化、与体内脏腑经络气血营卫运动节律，无不相关，从而为中医诊断所关注，并成为治疗中重视时间因素的依据。而一病前后证异，用药施治随时变换，则是中医理论动态化特征的明显表现。
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