他说：“医之效立见，故名医百无一人；学之讲无稽，故村儒举目皆是。”意思是说，医家治病需要立见功效，讲究的是真本事，掺不得半点虚假，“故名医百无一人”；而理学所言无法稽察其正确与否，难免夸夸其谈，滥竽充数，“故村儒举目皆是”。认为讲究务实的医术远比浮夸之理学重要，阐扬了他尊崇医术，蔑视理学的观点。
他还认为，将薛雪的良方、医案整理传世，“可以拯人，可以寿世，当高出语录、陈言万万”——比程朱理学的语录要高明而实用。这在注重理学，轻视方术的社会里，显示出不同寻常的独特见解。
纪晓岚论理学是非
纪晓岚所撰《阅微草堂笔记》中，在“理学害人”一节里记录了这样一个故事：某医生素来谨慎忠厚，有老妪手拿珠花金钏首饰，两次到他处求购堕胎药。某医严辞拒绝，赶她出去。半年后，该医在梦中被捉到阴曹地府，一个项上勒着红巾的妇女，哭诉她向医生求药而不给的经过，指控他杀人。某医争辩道：药是救人性命的，怎么能用来杀人呢？你因奸情而遭难，与我何干？女子说：我求药时身孕尚未成形，如果堕掉，我可以不死。无奈生下孩子被扼死，我也被逼上吊，你要保全一条命，反而要了两条命，不是你的罪，能是谁的罪呢？阴司的冥官叹道：你说的是实情，他遵循的是法理，宋代以来拘执于一理而不顾及实际利害的，难道只有他吗？你算了吧。一拍桌子，某医惊吓而醒。
这是一个涉及到医学伦理的比较复杂的命题，纪晓岚以“理学害人”为题目，正显示出他对腐儒理学的批判立场，这在当时是十分难能可贵的，至今亦有启发意义。
《阅微草堂笔记》载：内阁学士永宁婴，患疾颇委顿，延医诊视，未能立愈，改延一医，索前医所用药方弗得，以为小婢误置他处，责令其查索，云如不得且剳汝。公倚枕憩息，恍惚有人曰：“公勿剳婢，医家同类皆相忌，务改前医之方以见已所长，公所服药不误，特初试一剂，力尚未至耳。使后医见方，必相反以立异，则公殆矣。”稍顷始悟，乃告称前方已失，不复记忆，请后医另疏方，视所用药仍系前医方也，因连进数剂，病霍然如失。
明·龚廷贤曾说：“吾道中有等无行之徒，专一夸己之长，形人之短，每至病家，不问疾疴，惟毁前医之过以骇患者。”可见，纪晓岚所揭陋习确实存在。
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