虽然日伪政权对中医采取了扶持的政策，但日伪统治的残暴行径与奴化政策，注定无法真正赢得民心。许多中医都不配合日伪工作。著名中医陈存仁在上海就曾经受着考验，1945年，他被日本特工叫去，责问他以前是上海国医会的秘书长，为什么不加入日伪组织的中医协会？并怀疑他有反日行动，陈存仁几乎因此被逮捕，幸亏他家楼上的一位房客是日本黑龙会（日本军国主义组织）要员，“开恩”为他说情，才幸免于难。
在沦陷区，虽然日伪政权允许中医登记合法行医，可是避居上海租界“孤岛”的许多中医却不愿在当地登记，仍然以各种途径向重庆政府申请注册。为了便利他们领证，1938年重庆政府卫生署专门出台了《非常时期中医领证暂行办法》，规定无须当面考询，只要经当地国医公会或其他中医合法团体代为考询，即可发证。1940年又出台了《卫生署委托代办战区中医考询暂行办法》（1940）、《核发中医证书变通证明办法》（1940），以便利战区中医领证。这也足以说明沦陷区的民心向背。
敌后中医的地下抗日
在沦陷区，有不少中医还参加了抗日斗争。他们利用中医的职业身分，成为抗日地下工作者。
抗日战争中，在广东活动的东江游击区（东纵）、珠江游击区（珠纵）和北江特委等系统，都在广州设立有地下联络点、交通站，为部队输送人员、文件，购买医药用品，搜集敌人军事、政治情报等。他们为了安全，都是单线联系。其中，东纵的一个广州联络站，就建在今日国医大师邓铁涛当时工作的药店里。
1938年，邓铁涛刚刚从广东中医药专门学校毕业，就遇到了战乱，只得随行医的父亲迁到香港。1941年底，香港沦陷，邓铁涛一家生活陷入困顿。为了生计，只得携家回到相对熟识的广州，在太平南路药材店坐堂应诊。此时，一位朋友奉东江纵队司令部之命找到了他，请他做秘密交通站的工作。邓铁涛毅然答应。此后，经常有地下工作者以看病为名，到他坐堂的地方接头。他还不时陪东江纵队来的一位乔装打扮的女同志上街购买游击队需用的物资，存在自己家里，等游击队派人来取。在当时，中共在广州的地下领导机关也是借药材行作为职业掩护的。
在其它地区，还有不少中医为抗日工作者服务。如上海名医蔡香荪被推选为日伪组织的国医公会主席，他坚辞不就。当一位同乡刁庆恩因出版地下抗日刊物被捕，遭到毒打时，蔡香荪还利用自己的名望，多方营救使其获释，并将他接到家中，为其治伤，又资助他率妻儿走避。1939年广东江门沦陷后，当地中医外科组织了抗日国医救护团，冒着生命危险为抗日军民服务。
敌后中医的斗争史，也是了解近代中医不可缺失的一环。
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