疾病的种类虽然很多，但是发病原因不外乎三种，所谓“千般灾难（疾病），不越三条”。
经络受邪 入脏腑
经络和脏腑是密切联系的。当人体感受外邪以后，由于抗病能力不足，邪气通过经络传入脏腑，这叫做“内所因”，就是病邪乘虚入内。例如伤寒、温病的致病都是如此。
四腔九窍 血脉相传
手足四肢和头面五官、前后二阴等九窍都属于外。病邪侵犯肌表以后，仅仅流传予血脉，使得四肢运动受限，九窍壅塞不通，这叫做“外皮肤所中”。例如痹证、伤风一类疾病。
房室 金刃 虫兽所伤
由于房劳过度，刀剑创伤以及虫兽伤害等因素所引起的疾病，又属于另一种情况。
总之，《金匮要略》所谈的三条，虽然也有内外之分，但它是以外邪致病为主，是以经络脏腑分内外，而不是以外感内伤来分内外。它和后世陈无择的三因学说有所不同。三因学说以六淫外感为外因，以七情内伤为内因，房室，金刃等为不内外因。二者立论依据有其相异之处，但也可以看出三因学说是这三条的继承和发展。
“养慎”是内养正气，外慎风邪的简称。要防止生病，就应做好养慎。首先不让邪气进入腠理，侵犯经络。腠理归三焦所主，是气血流注的地方，和皮肤、脏腑都有密切关系。当人体抗病能力减退时，腠理就成为外邪侵入的门户。所以要力争做到正气存内，精神内守，并且讲究卫生，预防感冒。万一不慎，邪犯经络，四肢感到沉重不适，应该乘其尚未传入脏腑之前及早治疗。逮时可以采用多种医疗方法，如导引、吐纳、针灸、膏摩等等。导引法自摩自捏，舌动四肢，能够消除疲劳和烦恼。吐纳法以吐故纳新，调整呼吸，能够增强心肺功能。针刺、艾灸、药膏摩擦体表等外治方法是直接疏通经络，驱逐病邪。
除此而外，在生活上也要注意调节，如穿衣耍根据天气冷热而增减；饮食要搭配，不能偏嗜辛，甘等食物；睡眠要充足，不能纵情作乐。还要注意免受刑伤，并防备禽兽的意外灾伤。这一切，都是为了保证正气旺盛，身体健康，能够抵御外邪的侵袭。
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