我国城市小儿川崎病的发病率有逐年升高趋势。
该病在日本儿童中的发病率高达150/10万，在欧美国家却不到10/10万。我国自1993年开始组织10个省市参与的较大流行病学调查，确认至2003年中国的川崎病发病率约2/10万至27/10万，各地之间相差很大，以北京和上海较高，达24/10万至27/10万。2000-2004年，杜忠东教授再次组织了北京的流行病学调查，排除疑似病人后，发病率达50/10万，升高显著。男孩发病率明显高于女孩，约1.8∶1，发病季节以春夏之交较多见，7月份达到高峰。
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