维吾尔医学的基础理论在喀拉汗王朝时期提高到新的阶段，它包括四大物质(火﹑空气﹑水﹑土)学说﹑气质学说和四体液学说等，这些理论指导著临床的医疗实践；根据药物的四种属性──热﹑寒﹑乾﹑湿理论调理药性，调整平衡。虽然，喀拉汗王朝时期的许多回鹘人的著作未能保留下来，但从当时的《福乐智慧》及元代以後维吾尔医家撰写的许多著作中可以得到证明。
宋金元时期 贾马力丁·阿克萨拉依11世纪生于和田墨玉县阿克萨拉依村。他的代表作《白色宫殿》(阿克萨拉依)，他以本村村名为他的医著名，本书1899年在印度出版，并被印度德里伊斯兰医学院用作教材。该书大体分为三个部分，即基础理论﹑全身各器官疾病的治疗﹑药物和方剂，是一本较系统的维医学专著，至今仍享有盛誉。12世纪末13世纪初，西辽政权统治时期，和田一位名医艾拉马·阿拉依丁·马合木德·和田尼(1150～1222)著《医学法规》和《治疗精则》，其手抄本一直流传至今。
元代统治者由于民族﹑宗教等原因，对畏兀儿(元代对维吾尔之称)﹑阿拉伯医都比较重视。元政府设置广惠司(即後来的回回药物院)，该院主持编出《回回药方》(36卷)，现仅存残卷，其中收载的药方就有维医的内容，反映了当时维医的某些医药知识和用药习惯。
新疆察合台(14～16世纪)后期，塔里木盆地出现了一位名医努肉孜阿訇(14世纪)，他在行医中培养了很多徒弟，擅长利用当地草药治病，後来定居麦盖提。至今麦盖提人民对他的墓地都十分崇敬，称为“努肉孜阿訇寝陵”。以後在新疆出现割据王国的时代，医学事业得到了发展，国王们除要求在宫中的医生们撰写医药著作外，还确定专职人员抄写一部分医书，现在有些人手中仍保存有当时抄写并印有国王印玺的医学著作。
《医学辞典》(苏拉赫)是由加马力·哈尔西医生(﹖～1322)在喀什噶里用波斯文撰写的以维医学理论为主的词典。它还包括自然﹑地理﹑气象﹑哲学等方面的内容。
