阴阳在正常及病理状态下可以直接的或是间接的影响机体，阴阳失去相对平衡，出现偏盛、偏衰，从而导致疾病的产生，如：汗液是机体的正常新陈代谢，是器官之间协调排出的废物，如果脏器间不协调，失去平衡，内在的固摄之寒和外寒偏盛，使汗液不能正常排出，可产生寒性疾病。阴阳的偏盛偏衰，是疾病发生发展的根本原因，调正阴阳的相对平衡就是治疗的基本原则。
在治疗中，据以上事物及人体组织器官的阴阳归类，药物的来源、属性也分阴阳，进行对症下药，如长于干旱地的药物为阳，长于潮湿地的药物属阴；黄花的属阳，蓝花的属阴；红花的属阳，暗花的为阴；四季长青的为阳，春长冬缩的为阴等。
哈医理论非常重视气候与人的关系，认为自然界气候条件的变化，随时随地都在影响着人，每一个季节、第一个时辰都有比较稳定的、常规的气候现象。如果气候失去平衡，太过或不足，都会导致人体内十种物质的变化失调，造成疾病。有时，四时之气虽不能
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