男性不育是一多发、难治性疾病。总体上看，目前临床治愈率不高，治疗难度较大。由于男性不育症的病因十分复杂，部分病因还未完全弄清楚，针对目前的具体病因治疗，其效果各异，总的看来效果不甚满意。对精子少、活动能力低下、精子畸形、精液量少者，用中医药治疗，部分病人可治愈而达到生育，而部分病人精液只得到改善，仍不能生育。对此类患者，不能急于求成，应在辨证施治的基础上，守法守方，假以时日，并定期复查精液质量。因为精子的生成周期较长，达90天以上，即使治疗有效，亦须数月方显其功。
对精索静脉曲张所致不育者，部分病人经治疗后可达到生育，但曲张程度达量度以上，且病程较长，睾丸已发生较严重损害者，单纯中医治疗难达生育目的。对此类患者，可在手术的基础上继续进行辨证施治，中西医结合，效果较好。
特发性男性不育症是最富挑战性的难题之一，中医治疗有苗头，但未能被证实在临床上应用有确切的疗效。对特发性少精证，可在辨证的基础上，试用益肾、填精、活血、清热解毒之法，有时可取得满意疗效。
对生殖系有解脲支原体感染所致不育，因中西医均缺乏有效疗法，被认为是治疗的难点之一。虽然大多数患者没有临床症状，但它属湿热之邪内扰精室，破坏精液内环境，影响精子的生成、成熟及存活，导致精于数量下降，精于活动率、活动力降低及畸形等异常改变。针对该病的病因病机，可先用清热、利湿、解毒之法，药如白花蛇舌草、虎杖、益母草等，有杀灭解腮支原体的作用。几年来的临床验证，证实其在治疗精液解脲文原体感染的同时改善了精液质量。
免疫性不育亦是治疗的难点之一。目前的治疗效果都还不很理想，大剂量激素冲击疗法疗效有限，而且不良反应大。中药治疗本症表现出可喜的苗头。对此类患者，可在辨证的前提下，参用健脾表法，方用玉屏风散加味(黄芪、白术、防风、生石膏、黄相等)，改善病人的过敏体质。经过一段时间的治疗，可抗精子抗体转阴。
无精子症属男性不育症中的疑难重症，短期内难以获愈。其中，先天性输精管缺如、睾丸生精功能障碍等为不可逆的无精于症，治疗几乎无望。中药对生精干细胞的作用，目前尚缺少实验证据，各种可能的作用需要科学地探索。但是，中药所表现的对生精子细胞的诱导、促分化作用的现象和事实，值得引起重视，由此产生的研究思路令人振奋。如是阻塞性无精子症，有些可治，有些则难治，但近年随着显微外科的发展，又增加了治疗手段。另外，中医可拟以清热利湿、化瘀补肾的方法治疗。
先天性睾丸发育不全综合征，系由染色体异常引起，以睾丸曲细小管发育不良以及间质细胞功能减退为主的综合征，目前尚未见到此病治疗成功的报道。可以用五子衍宗丸、六味地黄九进行试验性治疗。
前列腺炎导致男性不育，临证用药时应根据炎性不育的轻重缓急选用先清后补之法或攻补兼施之法，对炎症重者先用清热利湿药1月左右，然后配合活血通精或补肾生精的药物，对炎症较轻的虚实夹杂证则可兼用清热利湿、活血通络、补肾生精之药，二者何轻何重当视其证情而定。治疗中也发现，不少患者经用清热利湿药物治愈了炎症，未用补肾生精药物精液即恢复正常，且使其妻孕育。炎性不育的肾虚以气阴两虚较为多见，肾阳虚型极少见，因而对炎性不育应慎用温肾壮阳药，以防其燥烈伤精。另外，应注意调畅情志配合治疗以助康复。
精液不液化和前列腺有关，特别是与前列腺炎有关，故治疗当以清热、利湿、通络、养阴为法。药用黄柏、虎杖、革筋、薏苡仁、获苔等，在用药的同时，还需针对精液不液化病症加入溶酶之物，如麦芽、山楂等，尤其是助脾胃化生之品，可以调节全身酶的活性，有利于精液液化物质补充及功能的恢复。
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