闭经病变部位在卵巢，即任何原因使卵巢不分泌性激素或分泌性激素水平极度低落，致使子宫内膜不能生长，更无周期性变化及剥脱而导致的闭经。包括先天性卵巢发育不全、卵巢早衰，卵巢不敏感综合征、卵巢组织破坏、卵巢男性化肿瘤、多囊卵巢综合征、卵泡膜细胞增生症。
4.卵巢组织破坏：由于发病年龄不同，可表现为原发性闭经或继发性闭经。凡因手术切除双侧卵巢、放射治疗、严重感染或肿瘤使卵巢组织遭受严重损坏者，均可导致闭经。实验室检查雌激素水平极度低落。促性腺激素排出量增高。
5.卵巢男性化肿瘤：卵巢男性化肿瘤，如睾丸母细胞瘤、含肾上腺皮质瘤、卵巢门细胞瘤等均能产生超量的雄激素(血中宰酮含量大3.0mol/l)，抑制下丘脑–垂体–卵巢轴的功而导致闭经，男性化征候明显。该组病人卵巢增大，多为单侧、实质性肿瘤，B超和CT可可确诊肿瘤性质及部位。
6.多囊卵巢综合征(PCOS)：又称Stein–Leventhal综合征，是以无排卵、闭经或月经稀发，月经过少、不孕、多毛、肥胖及卵巢多囊性增大等之综合症候群。
7.卵泡细胞增生症(hyPerthecosis)：为一种非肿瘤性疾病，其病理特点是在远离卵泡的间质内存巢(岛)性黄素化卵泡膜细胞增生病灶，并产生过多的雄激素(睾酮、二氢睾酮，雄烯二酮、雌酮均明显升高)引起继发闭经、不孕，去女性化和明显男性化症候，卵巢正常或增大，FSH LH 正常或降低。与多囊卵巢(PCO)鉴别要点：雄激素、雌酮分泌更高、男性化症候更严重，不存在FCO，对克罗米芬治疗无反应，确诊依靠卵巢组织学检查。
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