垂体及下丘脑性闭经，除卵巢自身问题会引发性腺功能低下外，垂体或下丘脑功能障碍亦可导致卵巢功能低下而发生闭经。造成垂体功能障碍的病因很多，如先天性下丘脑垂体功能不全、垂体肿瘤。手术或放疗破坏了垂体组织、临近器官的肿瘤如颅咽管瘤等对垂体的机械性压迫、产后大出血所致的垂体组织缺血性坏死(席汉氏综合症)，以及感染或非感染性肉芽肿浸润，均可导致垂体促性腺激素分泌和调节障碍，进而发生性腺功能低下。垂体性闭经患者血中雌激素水平和垂体促性腺激素水平均明显低落。垂体功能低下还可能由于下丘脑功能异常或其他内分泌疾病引起的不适当的反馈调节所致。表现为下丘脑促性腺激素释放激素分泌不足或其脉冲分泌形式受干扰，导致无排卵而闭经。如先天性下丘脑发育异常、颅咽管瘤、脑炎后遗症等。精神刺激、环境变化、神经性厌食等原因所发生的闭经均与下丘脑分泌调节障碍有关。肥胖、多囊性卵巢综合症、高催乳素血症以及甲状腺。
肾上腺疾病等可通过不同的途径和方式干扰下丘脑功能，打乱其规律性地脉冲式分泌及其反馈调节而导致闭经。对性激素水平低落者同样可以用雌激素和雌孕激素替代治疗，不仅可建立如同月经一样的周期性出血，防止生殖器官萎缩，对提高性欲、改善性交时阴道的润滑作用均有好处。除此之外，对有精神心理障碍者应辅以耐心的心理治疗。神经性厌食者应动员补充营养，增加体重以促进月经潮。希望生育者应积极诱导排卵。轻症患者雌激素水平无明显低下的应用克罗米酚治疗，可获排卵或妊娠，甚至可自然恢复。
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