治疗鼻窦炎最有效的方法是锻炼身体，提高身体抵抗力，预防感冒。同时对有全身慢性病者，要辅以适当的治疗。
一旦确诊患了慢性鼻窦炎，其治疗也应随之跟上。主要应从根除病因、保证鼻窦开口引流通畅、控制感染和预防并发症入手。根据病变程度的不同，选择的方法也不一样。大体上来讲，治疗可以分为非手术疗法和手术疗法。
非手术疗法如果让病人在疗法之间做选择的话，可以说绝大多数病人都会选择非手术方法。非手术疗法主要有以下几种：
(1)鼻腔局部用药：1%麻黄素生理盐水滴鼻液是价格低廉、应用广泛的一种滴鼻剂，它可以减轻鼻窦粘膜肿胀，开口通畅，使鼻窦内的脓液更容易流出来。一般每日使用3 -4次，每次每侧鼻腔1-3滴。滴鼻剂应注意体位。一般多采用仰卧垂头位，鼻孔朝上。滴药后应停留5-8分钟再起身，将药液及鼻涕轻轻擤出，或后吸至嘴里再吐。不要紧捏双侧鼻孔用力擤，这样会将鼻涕经咽骨管压向中耳，从而引起中耳炎。医生常将抗生素或激素加入麻黄素滴鼻液中，增加其抗感染、抗过敏的作用，如：氯麻素(加人氯霉素)，地麻素(加入地塞米松)，呋喃西林麻黄素。另外，还有 0.05%盐酸羟甲唑滴鼻剂(必通)。这一类鼻腔减充血剂用久了，可能会导致药物性鼻炎，所以用药时间一般不要超过 7天。儿童用药浓度一定要相应减低。如果慢性鼻窦炎同时伴有过敏，鼻粘膜水肿较明显，则可应用抗过敏的喷鼻药。目前常用药有：伯克纳喷鼻剂、雷诺考特喷鼻剂等，应在医师指导下用药。
(2)口服药：口服抗生素应以细菌培养和药物敏感实验为依据，用药时间一般为4-6周。常用药物有阿莫西林、阿奇红霉素、头孢、头孢呋新、泰力特等。如果伴有过敏情况，也可以加服一些抗过敏药，如：开瑞坦、塞特赞、扑尔敏等。一些中成药对慢性鼻窦炎的治疗效果也不错，如鼻渊舒、鼻窦炎口服液等，可以配合抗生素应用。
(3)正负压置换法：适合于慢性全组界窦炎，是一个简单有效的方法。治疗时，护士让病人平卧于治疗床上，肩下垫一小枕，头后仰下垂。先将 1%麻黄素生理盐水滴入鼻腔以充分收缩鼻腔，开放鼻窦口，然后将吸引管外接一个橄榄头插入一侧鼻孔，捏紧对侧鼻孔，开动吸引器，嘱病人间断发出“开一开一开—…”音，鼻腔鼻窦内的脓液就会被吸出，鼻窦内变负压。再将抗生素药滴人鼻腔，药液就会进人鼻窦。如此反复多次，就会把鼻窦内的脓涕排出而置换进去药液，达到治疗的目的。一般每日1次，10日一疗程。
(4)上颌窦穿刺冲洗：用一特制穿刺针从下鼻道刺入上颌窦，抽出脓液后，以生理盐水进行冲洗至脓液排净，然后再注入抗生素药液。此法仅适合于上颌窦炎。
手术疗法如果成年人经非手术疗法系统治疗8周(儿童12周)以上，病情仍无好转或CT显示鼻腔鼻窦有不可逆病变，则考虑手术疗法。
术前常规行CT鼻窦摄片，可以清楚地显示病变累及哪几个鼻窦，窦口有无阻塞，鼻腔内的结构是否异常等。结合病史、检查及鼻窦CT的改变，鼻科医师会决定该病人是否需要手术治疗。
内窥镜下的鼻腔、鼻窦手术目前已被广大鼻科医师所采用。借助于内窥镜，医师可以在直视下手术，从而达到去除病变组织，保留正常结构的目的。
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