这是最古老的端午节俗之一。《夏小正》载：“此日蓄药，以蠲除毒气。”《岁时广记》卷二十二“采杂药”引《荆楚岁时记》佚文：“五月五日，竞采杂药，可治百病。”后魏《齐民要术？杂记》中，有五月捉蛤蟆的记载，亦是制药用。后来有不少地区均有端午捉蛤蟆之俗，如江苏于端午日收蛤蟆，刺取其沫，制作中药蟾酥；杭州人还给小孩子吃蛤蟆，说是可以消火清凉、夏无疮疖。还有在五日于蛤蟆口中塞墨锭，悬挂起来晾干，即成蛤蟆锭，涂于脓疮上可使消散。这种捉蛤蟆制药之俗，源于汉代“蟾蜍辟兵”之传说。又如湖北监利于端午“采百草”，亦采药草之俗。采药是因端午前后草药茎叶成熟，药性好，才于此日形成此俗。
沐兰汤
端午日洗浴兰汤是《大戴礼》记载的古俗。当时的兰不是现在的兰花，而是菊科的佩兰，有香气，可煎水沐浴。《九歌？云中君》亦有“浴兰汤会沭芳”之句。《荆楚岁时记》：“五月五日，谓之浴兰节。”《五杂俎》记明代人因为“兰汤不可得，则以午时取五色草拂而浴之”。后来一般是煎蒲、艾等香草洗澡。在广东，则用艾、蒲、凤仙、白玉兰等花草；在湖南、广西等地，则用柏叶、大风根、艾、蒲、桃叶等煮成药水洗浴。不论男女老幼，全家都洗，此俗至今尚存，据说可治皮肤病、去邪气。
雄黄酒
饮蒲酒、雄黄、朱砂酒，以酒洒喷
《荆楚岁时记》：“以菖蒲(多年生草本植物，生在水边，地下有淡红色根茎，叶子形状像剑，肉穗花序。根茎可做香料，也可入药)或镂或屑，以冷酒。”蒲酒味芳香，有爽口之感，后来又在酒中加入雄黄、朱砂等。明谢肇淛《五杂咀》：“饮菖蒲酒也……而又以雄黄入酒饮之。”明冯应京《月令广义》：“五日用朱砂酒，辟邪解毒，用酒染额胸手足心，无会虺(古书上说的一种毒蛇)蛇之患。又以洒墙壁门窗，以避毒虫。”此俗流传较广。至今，如广西宾阳，逢端午时便有一包包的药料出售，包括雄黄、朱耒、柏子，桃仁、蒲片、艾叶等，人们浸入酒后再用菖蒲艾蓬蘸洒墙壁角落、门窗、床下等，再用酒涂小儿耳鼻、肚脐，以驱毒虫，求小儿平安。另外有的地区还用雄黄酒末在小孩额上画“王”字，使小孩带有虎的印记，以用虎辟邪。这些活动，从卫生角度来看，还是有科学道理的。雄黄加水和酒洒于室内可消毒杀菌，饮蒲洒也颇有益。
采茶、制凉茶
北方一些地区，喜于端午采嫩树叶、野菜叶蒸晾，制成茶叶。广东潮州一带，人们去郊外山野采草药，熬凉茶喝。这对健康也有好处。
端午还有许多辟邪、灭疫活动，与上述的卫生习俗有密切的联系。如以五色丝系臂，曾是很流行的节俗。汉代应助《风俗通义》有记：“五月五日，赐五色续命丝，俗说以益人命。”《荆楚岁时记》载：“以五彩丝系臂，名曰辟兵，令人不病瘟。”另外又有称长命缕、续命缕、辟兵绍、五色缕、朱索等。据说也是因屈原而起，可以驱除灾害。为什么五彩丝线有这么大的威力呢？在东晋葛洪的《抱朴子》中又记述有将五色纸挂于山中，召唤五方鬼神的巫术，大概是以五色象征五方鬼神齐来护佑之意，源于我国古代的五行观念。另外，可能源于古代南方人的文身之俗。《汉书？地理志》记越人“文身断发，以辟饺龙之害”。晋人刘义庆《世说》等书，记以五色丝缠绕粽子，以投入江中，为蚊龙所惮。虽系传说，却透出了一丝值得玩味的信息。五色丝系于臂上，或为文身遗俗，另外还有其他佩饰之物。比如，《太平御览》引《风俗通))佚文：“又有条达等织组杂物，以相赠遗。”条达，即彩色织丝带，亦与五色丝相行。又有佩赡赊以辟兵之俗(此俗久已失传，仅《太平御览》中有记载)。这些习俗传到后世，即发展成许多种漂亮好玩的香囊等饰物。如《东京梦华录))记北宋开封过端午要购，“百索、艾(多年生草木板物，叶子有香气，可入药，内服可做止血剂，又供灸法上用。也叫艾篙或蕲艾)花、银样鼓儿花”。是佩戴饰物。《武林旧事》记南宋杭州时赐予后妃诸臣：“翠叶、五色葵榴、金丝翠扇、真珠百索、钗符、经筒、香囊、软香龙诞佩带。”清《帝京岁时纪胜》：“幼女剪彩叠福，用软帛缉缝老健人、角黍、蒜头、五毒、老虎等式。”是在端午制小人形(由古代艾人发展而来)、粽子、蒜头、五毒、巷虎等形的小香囊佩戴。《清嘉录》中记有另一种健人：“市人以金银丝制为繁缨(古代帽子上系在领下的带子)、钟铃诸状，骑人于虎，极精细，缀小钗为串，或有用铜丝、金箔为之者，供妇人插鬃，又互相献赉，名曰健人。”妇女也于髻上戴艾，插石榴花朵，既可驱邪，又兼装饰。
一贵阳市民准备的端午佳品。大蒜在端午节里有着与菖蒲，艾草一样的地位，被视作“驱鬼避邪”的利器。
在端午设置种种可驱邪的花草，来源亦久。最早的如挂艾草于门，《荆楚岁时记》：“采艾以为人，悬门户上，以禳毒气。”这是由于艾为重要的药用植物，又可制艾绒治病，灸穴，又可驱虫。五月艾含艾油最多，(此时正值艾生长旺期)所以功效最好，人们也就争相采艾了。除采艾扎作人外，也将艾扎作虎形，称为艾虎，《荆楚岁时记》注文云：“以艾为虎形，或剪彩为小虎，帖以艾叶内人争取戴之。”同时也在门上挂蒲束及葛蒲削的蒲剑，蒲束扎的蒲龙。《帝京岁时纪胜》：“(端午)插蒲龙艾虎。”《清嘉录》卷五：“戴蒲为剑，割蓬作鞭，副以桃梗蒜头，悬于床户，皆以却鬼。”桃梗是辟邪之吉物，蒜头被认为是象征武器铜锤，与蒲剑、蓬鞭相配，以赶却鬼祟。另外还焚烧艾蒿等以驱赶蚊蝇。在湖南、浙江等地则采葛藤挂于门相上，传说葛藤是锁鬼的铁链子，可驱鬼辟邪。
与采药、采艾蒲等相联系的有蹋百草、斗百草等游戏，是古人往野外游艺之遗俗。后来发展成为插花等装饰艺术。
民间认定的五毒，“驱除”五毒是端午节的重要活动。
民间认为五月是五毒(蝎、蛇、蜈蚣、壁虎、蟾蜍)出没之时，民间要用各种方法以预防五毒之害。一般在屋中贴五毒图，以红纸印画五种毒物，再用五根针刺于五毒之上，即认为毒物被刺死，再不能横行了。这是一种辟邪巫术遗俗。民间又在衣饰上绣制五毒，在饼上缀五毒图案，均含驱除之意。
倒灾葫芦
端午也以桃印为门饰。桃是民俗中驱鬼之物，源于神荼、郁垒之神话，以桃刻印，亦为祛攘之意。《续汉书？礼仪志》：“朱索、五色桃印为门户饰，以止恶气。”后世的昧符、吉祥葫芦即源于此。《梦粱录》卷三：“士官等家以生朱于午时书‘五月五日天中节，赤口白舌尽消灭’之句”，这是宋代之俗。《燕京岁时记》又记：“端阳日用彩纸剪成各样葫芦，倒粘于门阑上，以泄毒气。”这是清代之俗。有的还在纸葫芦上垂丝穗、飘带等，更为好看，或在葫芦中剪出五毒形状，挂贴于门，亦表示将五毒之气泄尽之意，你为“倒灾葫芦”。
至今民间仍有悬镜于门以避邪之俗。在唐代，专于五月五日午时于扬州扬子江心铸铜镜，以进贡皇帝，称为“天子镜”，这也是辟邪之意（见《唐国史补》）。所以后世多于门前挂镜驱邪。
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