包虫病可在人体内数年至数十年不等。临床表现视其寄生部位、囊肿大小以及有无并发症而异。因寄生虫的虫种不同临床上可表现为囊型包虫病（单房型包虫病）、泡型包虫病（多房型包虫病）、混合型包虫病，后者是由伏氏棘球绦虫或少节棘球绦虫的幼虫致病，国外见于中、南美洲，国内尚未发现。
（一）肝包虫病 肝包虫囊极度肿大时右上腹出现肿块，患者有饱胀牵洩感，并可有压迫症状。囊肿大多位于右叶，且多位于表面，位于左叶者仅1/4。囊肿位于右叶中心部时肝脏呈弥漫性肿大，向上发展压迫胸腔可引起反应性胸腔积液、肺不张等；向下向前发展则向腹腔鼓出。大多数患者体检时发现肝脏极度肿大，局部有圆形表面平滑囊肿感。少数病例叩打囊肿后可听到震颤。肝功能大多正常，白、球蛋白比例倒置。肝B型超声波、肝同位素扫描、肝CT检查均示肝脏占位性病变。通常由细粒棘球蚴所致称为单房型包虫病；而由多属棘球蚴所致的称为多房型包虫病，简称泡球蚴病（alveococcosis）。包虫增殖方式呈浸润性，酷似恶性肿瘤。肝泡球蚴尚可通过淋巴或血路转移。继发肺、脑泡型包虫病。故有恶性包虫病之称。肝质地变硬，表面不平。
（二）肺包虫病 肺组织较为松弛，故包虫囊生长较快，常有干咳、咯血等症状。2/3患者病变位于右肺，且以下叶居多。在无并发症的病例胸部X线检查可见单个或多个圆形、卵圆形或多环形、边缘清晰而光滑的肿块（有继发感染时边缘模糊）。囊肿随呼吸而变形，罕见钙化，大小不一，最大者可占一侧肺野。囊肿穿破囊液液完全排出，在X线上呈空洞型；囊肿破入胸腔时可发生严重液气胸。约半数患者的囊肿破入支气管，囊液咳出而自愈。偶可因囊液大量溢出而引起窒息。
（三）脑包虫病 发病率低（1～2%），多见于儿童，以顶叶为常见，临床表现为癫痫发作与颅内压增高症状。包囊多为单个，多数位于皮层下，病变广泛者，可累及侧脑室，并可压迫、侵蚀颅骨，出现颅骨隆凸。脑血管造影、脑CT、脑核磁共振均有助于诊断。
（四）骨骼包虫病 较为罕见，国外报告约占全身包虫病的1%～2%，国内报告远低于国外，仅占0.2%左右。以骨盆和脊椎发生率最高，其次可以四肢长骨、颅骨、肩胛骨、肋骨等。细粒棘球蚴侵入长骨后，感染通常从骨端开始，疏松海绵骨首先受侵。由于骨皮质坚硬、骨髓腔狭小呈管状，限制包虫的发展，故病程进展缓慢，晚期可能出现病理性骨折、骨髓炎或肢体功能障碍。X线可有助于诊断。
此外，心包、肾、脾、肌肉、胰腺等包虫病均属少见，其症状似良性肿瘤。
人感染包虫病后，常因少量抗原的吸收而致敏，如囊肿穿破或手术时囊液溢出可致皮疹、发热、气急、腹痛、腹泻、昏厥、谵妄、昏迷等过敏反应，重者可死于过敏性休克。
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