生殖器结核诊断一经明确，不论病情轻重，均应给予积极治疗，尤其轻症病人，难以肯定其病灶是否已静止或治愈，为防止日后病人一旦免疫功能下降，病情有发展可能；即使无明显症状，亦应晓以利害，说服其接受治疗。
目前生殖器结核治疗，包括一般治疗，抗结核药物治疗及手术治疗。
一、一般治疗 生殖器官结核与其他器官结核一样，是一慢性消耗性疾病，机体免疫功能的强弱对控制疾病的发展，促进病灶愈合，防止药物治疗后的复发等起很重要作用，故急性期病人至少需卧床休息3个月。病变受到抑制后可以从事轻度活动，但也要注意休息，增加营养及富于维生素的食物，夜间要有充足睡眠，精神须愉快。特别对不孕妇女更要进行安慰鼓励，解除思想顾虑，以利于全身健康状况的恢复。
二、抗结核药物的治疗 抗结核药物的出现，使结核病的治疗发生了大的变革和飞跃，其他治疗措施已大多废弃，以往需要手术的病例也为安全、简便、更有效的药物治疗所替代。但为了要达到理想疗效，必须贯彻合理化治疗的五项原则，即早期、联合、适量、足程和规则使用敏感药物。早期结核病变处于细菌繁殖阶段，病变愈早愈新鲜，血供愈佳，药物愈易渗入；治疗积极可防止延误而形成难治的慢性干酪化病灶。联合用药能杀死自然耐药菌或阻止繁殖、产生抗药性结核菌的机会大大下降，但由于药物治疗疗程长，病人往往不易坚持，出现过早停药或不规则服药等情况，导致治疗失败。为此临床医生更应注意规则及足程这两个原则，关注病人治疗情况，加强对病人的督导，避免中途停药或任意换药，治而不彻底，造成耐药、难治等恶果。
（一）抗结核药物的作用机理：抗结核药物的治疗目的是快速彻底杀灭病灶内大量活跃繁殖的结核菌群（A菌群），以及消灭缓慢和间歇繁殖的B、C结核菌群，以减少复发。目前最常用的抗结核药物有5种。
1.异烟肼（I，isoniazid）：对结核杆菌有抑制和杀灭作用，是多种治疗方案中最常用的药物。其特点是疗效较好，用量较小，易于口服。
2.利福平（R.rifampicin）：是利福霉素的半合成衍生物，结核杆菌对之高度敏感，是对A、B、C，3种菌群均有杀菌作用的唯一药物。
3.链霉素（S）：对细胞外结核菌（A菌群）的杀菌作用大于对细胞内（B、C菌群）菌群的作用。
4.吡嗪酰胺（pyrazinamid，Z）：为高效结核杆菌杀菌剂，但仅对细胞内菌群有杀灭作用。
5.乙胺丁醇（ethambutol:E）：对细胞内外的结核杆菌有相仿的较强抑制作用，亦是目前临床常用的抗结核药。
三、手术治疗 生殖器结核以抗结核药物治疗为首选，一般不作手术治疗。只有在：①药物治疗6个月，盆腔包块持续存在；②多种药物耐药；③症状（盆腔疼痛或子宫异常出血）持续或复发；④药物治疗后病变复发；⑤瘘管未能愈合；⑥怀疑同时有生殖道肿瘤存在等，方考虑手术治疗。
为避免手术时感染扩散，减少盆腔器官广泛粘连、充血而导致手术操作困难，也有利于腹壁切口的愈合，术前应作抗结核治疗一二个月。
抗结核药物治疗后，需要有一个密切随访阶段，经过联合、适量、规律及全程治疗后，复发或播散至其他器官者极为罕见，疗程末尾近结束时，宜重复检查一次胸X线透视，尿结核菌培养及诊刮。在二三年内每6～12个月重复检查一次。
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