下列几种常见的妇科疾病与内生殖器结核的体征极为相似，在临床上常需加以鉴别。
一、慢性非特异性附件炎及慢性盆腔炎
患者亦往往不孕，盆腔体征与内生殖器官结核很相似，但前者多有分娩、流产和急性盆腔炎病史；月经量一般较多，很少有闭经；当慢性附件炎久治不愈，可做子宫输卵管造影或诊刮，以排除生殖器结核。
二、子宫内膜异位症 卵巢的子宫内膜异位症与生殖器结核的临床表现有较多相似之处。如不孕、低热、月经异常、下腹坠痛，盆腔形成压痛、固着的包块等。但子宫内膜异位症病人常有进行性痛经，在子宫直肠窝、子宫骶韧带或宫颈后壁常可触及1～2个或更多硬性小结节。如无上述两种临床表现，诊断有困难时可作腹腔镜检查即可明确诊断。
三、卵巢肿瘤 结核性包裹性积液，有时可误诊为卵巢囊种或卵巢囊腺瘤。通过病史，临床症状，及结核性附件包块表面不光滑，不活动，周围有纤维性粘连增厚等体征较易鉴别。
晚期卵巢癌病人常有恶病质、发热、血沉加快，除有附件块物外可在盆腔底部出现转移病灶，与盆腔结核合并输卵管卵巢结核性包块不易鉴别，临床常有将卵巢癌误认为结核，长期采用抗痨治疗，以致延误病情，危及病人生命；也有误将盆腔结核诊断为晚期卵巢癌而放弃治疗。可在B超引导下，作细针穿刺，找抗酸菌及癌细胞。如深不可及，当按情况作腹腔镜检查或剖腹探查，及早明确诊断，求得适当治疗，以挽救病人生命。
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