当结核杆菌感染到一易感宿主后，局部组织首先出现多形核白细胞的炎性渗出，48小时内即被单核细胞所代替，并变成结核杆菌在细胞内繁殖复制的最初场所。当细胞免疫出现后，结核杆菌被消灭，组织发生干酪性坏死。以后如感染灶重新激活，乃引起增生性肉芽肿病损—结核结节。典型的组织图像：中央是干酪性坏死组织，四周围以同心层的类上皮细胞及多核巨细胞，其外周为淋巴细胞，单核细胞及成纤维细胞浸润。
女性生殖器官结核中输卵管是受累最多的部位，占90～100%，多为双侧性。子宫受累为50～60%，几乎全部在子宫内膜，很少侵入肌层。卵巢结核常从感染的输卵管直接蔓延而来，由于卵巢周围有一层坚韧的白膜，感染率低于子宫内膜，占20～30%，至少有一半为双侧性。宫颈结核来源于子宫内膜结核的下行感染，如作连续宫颈切片并不罕见，可占5～15%。阴道、外阴结核偶见，约占1%。
一、输卵管结核 由于不同的感染途径，结核性输卵管炎初期大致有3种类型。
（一）结核性输卵管周围炎：输卵管浆膜表面满布灰白色粟粒样小结，开始并不波及深层肌肉和粘膜组织，常常是弥漫性结核性腹膜炎或盆腔腹膜炎的琣分，整个盆腔器官、肠管、肠系膜、腹膜的浆膜面和子宫表面均有许多散在的灰白色、大小不等的干酪化结节，直径自数mm到1cm，整个浆膜面充血、肿胀，可能出现少量腹水。
（二）间质性结核性输卵管炎：最初在粘膜下层或肌层出现散在的小结节，病灶开始比较局限，继续发展则向粘膜和浆膜方向侵犯。这一类型显系血行播散而来。
（三）结核性输卵管内膜炎：系输卵管内膜首先受累，常发生于输卵管的远侧端。伞端粘膜肿胀，管腔逐渐变大，粘膜皱襞由于坏死及表面上皮剥脱而互相粘连。但伞部不一定闭锁，可发生外翻而仍保持开放。此型多半通过血行感染，继发于结核性腹膜炎者（结核杆菌自输卵管伞部侵入）较为少见。据统计结核性腹膜炎患者中仅13.5%有生殖器结核，而生殖器结核并有腹膜结核者却占32.8%，说明在输卵管伞端开放情况下，结核杆菌可从输卵管直接扩散至腹膜，这一情况亦可解释为何结核性腹膜炎女性多于男性。
随着细菌毒力及机体免疫力的不同，病变继续发展，大致又有两种类型：
1.增生粘连型：较为普遍，80%属于此类，病变进展缓慢，临床表现模糊不显。输卵管壁增厚，显得粗大僵直。管口虽可能开放，但在管腔内任何部位均可出现狭窄或阻塞。切面可在粘膜及肌壁找到干酪性结节样病变，慢性病例可能发生钙化。有时粘膜发生增生性病变，增生的粘膜皱襞很似腺癌。当病变扩展到浆膜层或输卵管全部破坏后可能有干酪样渗出物，后经肉芽组织侵入，致使输卵管与邻近器官紧密粘连。有时与肠管、肠系膜、膀胱及直肠粘连，形成一个不易分离的炎块；严重者手术时无法进入腹腔。但腹水不显著，如有，常形成包裹性积液。由于致密的粘连，可并发肠梗阻。
2.渗出型：为急性或亚急性病程，输卵管显著肿胀，粘膜破坏较剧，管腔充满干酪样物质，管壁增厚，形成结核性输卵管积脓。常与周围邻近的肠管、网膜、壁层腹膜、卵巢及子宫等紧密粘连，但有些可与周围无粘连，活动度大而误诊为卵巢囊肿。浆膜层表面可能有少数结节，一般不显著，不易引人注意。较大的输卵管积脓常波及卵巢而形成结核性输卵管卵巢脓肿，有时亦有输卵管积血或积水者。
结核性输卵管积脓的脓液中，通常已不含细菌，但极易发生一般化脓细菌的继发感染，这时可引起严重下腹痛、发热、白细胞增多等炎症症状，可在一侧扪到迅速增大的痛性包块。这类脓肿易向邻近穿破，形成慢性瘘管。急性期错误地行切开引流术，更易发生瘘管，甚至发生肠梗阻。
二、子宫结核 子宫大小、形态均可能正常，结核病变大
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