阴茎癌的标准诊断手段一般是活检。对于较小、局限的病灶可以考虑切除活检。在这些患者中需要做到切除后深部组织手术切缘为阴性。活检对疾病的分级和组织学分类提供了有用的信息。对于小病灶，侵犯深度也可经活检得到确认。较大的病灶可能更容易通过体格检查和影像学检查来判断浸润程度。这些零散的信息组合在一起有助于正确的进行疾病分期以及在没有明显的临床肿瘤转移症状（即触及转移淋巴结）下判断微观转移的可能性。
另外阴茎癌的诊断手段有CT和MRI。这两种方法确定转移的标准都定义为病灶大于1厘米。这就决定了这两种手段无法诊断早期的微小淋巴结转移。基于大小判断转移的敏感性为40-60%，而特异性则好得多，接近100%。一些使用正电子发射计算机断层扫描（PET/CT）进行诊断的研究显示敏感性可以升高至88%，具有良好的前景。但对于小于7mm的淋巴结PET/CT也有局限性。
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