黄芩主要用种子繁殖，也可用扦插和分根繁殖。
1、种子繁殖 一般采用直播，因种子细小，出苗比较困难，必须把地整好。整地前每亩施腐熟厩肥2000—3000公斤，深耕细耙，畦面要求细、平，无灌溉条件的山坡地可以不做畦。春播在3、4月，夏播可于雨季播种，也可冬播，以春播的产量最高，无灌溉条件的地方，应于雨季播种。一般采用条播，按行距25—30厘米，开2—3厘米深的浅沟，将种子均匀播入沟内，覆土约1厘米厚，播后轻轻镇压，每亩播种量0.50—1公斤。因种子小，为避免播种不均匀，播种时可掺5—10倍细砂拌匀后播种。播后及时浇水，经常保持表土湿润，大约15天即可出苗，出苗后要间去过密的弱苗，当苗高6—7厘米时，按株距12—15厘米定苗，并对缺苗的地方进行补苗，补苗时一定要带土移栽，可把过密的苗移来补，栽后浇水，以利成活。
黄芩种子小，播种时覆土又浅，常因土壤干旱或表土不平，土粒较大，出苗困难，而导致大量缺苗。解决的办法：首先，整地一定要整细整平;其次，播种后要及时浇水，经常保持土壤湿润直到出苗;此外，旱地种植，应选雨季播种，也可用塑料薄膜覆盖或用草覆盖保墒，出苗后即可揭去覆盖物。这样就可以保证出苗一致整齐。
2、扦插繁殖 最适宜扦插期为5、6月份，植株正处于旺盛的营养生长期，剪取茎枝上端半木质化的幼嫩部分(茎的中下部作插条成活率很低)，剪成6—10厘米长，再把下面2节的叶去掉，保留上面叶片。插床最好用砂，或比较疏松的砂壤土也行。一般应随剪随插，按行株距10×5厘米于床内，插后及时浇水，并搭棚遮荫，要经常喷水保持土壤湿润，但不宜太湿，否则插条会变黑腐烂。管理得当，成活率可达90%以上，插后期40天即可移栽。
3、分根繁殖 在收获时注意选高产优质植株，把根剪下供药用，留下根茎部分繁殖材料用。如冬季挖收，把根茎埋于室内阴凉处，第2年春再分根栽种;如春季收获，则随挖、随栽，把根茎分开为若干块，每块都带有几个芽眼，再按行株距30×20厘米于大田。山坡地采用此法栽种成活率较高，栽后同一般管理。
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