常见的虫害有白蚁、地蚕、金针虫、蛴螬、天牛、钱驼子、老鼠以及畜禽糟踏等。
防治方法：对虫害可用菜籽饼粉碎后撒于天麻床上面；对老鼠可用夹子捕杀，或用毒饵诱杀；对畜禽应注意管理。应尽量少用或不用烈性农药。对露出的天麻块茎应及时用土覆盖。
咬食新生天麻，危害较大。
防治方法：可用狼毒和百部草各1份，磨细粉，栽种天麻时撒在麻种的周围。也可用鱼藤精拌细米糠(1：1000)或用95％以上的敌百虫拌细米糠或玉米粉制1：100的毒饵诱杀。
介壳虫
以口器插入天麻块茎皮层吸汁，天麻被害后，生长不良，个体衰弱。
防治方法：在栽种时和收获时，发现介壳虫后，应逐个进行消灭，以防止继续繁殖蔓延。同时，不用介壳虫寄生的树木做菌材。有介壳虫寄生的天麻也不宜用来做种麻。
蚜虫
每年5—6月份，天麻开花时，蚜虫就在花序上取食汁液，严重影响花的发育。
防治方法：可用40％乐果乳剂2000一3000倍液喷杀，连续2—3次，可有效地控制其危害。
蚂蚁
可在菌窖或麻窖周围撒放鱼藤精和细米糠拌成的毒饵，或用0．05％一0．1％鱼藤精水溶液浇灌蚂蚁穴。白蚁，可用白蚁药喷射。
伪叶甲
以成虫危害天麻果实，在果实上蛀孔。因为虫口数量不多，早晚人工捕捉能起很好的作用。
天麻块茎腐烂病
是由多种病因引起的。有些是属于担子菌的杂菌感染受害，也有的是由于环境条件不良，不利于天麻的生长而只利于蜜环菌的繁殖生长而侵蚀天麻的，也有的是高温高湿条件使窝内的其它腐生菌或杂菌泛滥为害的。发生软腐的天麻块茎，皮部萎黄、中心组织腐烂，解开块茎，内部变成异臭的稀浆状态，有的块茎组织内部充满了黄白色或棕红色的蜜环菌索。严重时会造成烂窝。防治方法：在栽天麻时，要严格选择无杂菌的菌棒伴栽。若发现菌床内有杂菌感染的菌棒，必须弃之不用。根据天麻各生育期对水分大小的要求，作好田间管理，防旱、防涝和保墒，秋季作好排水上作，注意选择不带病的麻种。
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