第三是分子水平上的中药质量控制。由于中药成分复杂，来源不一，中药制剂药味多，工艺各异。，造成质量难以控制。这是制约中药走出国门的关键原因。自八十年代后发展起来的分子分类学，将生物性状从表征扩展到生物信息大分子，利用DNA、RAN、蛋白质三级信息物质，反映遗传密码传递顺序。这是物种特征的根本所在，也是中药最有价值的分类鉴定指标。另一方面利用DNA分子标记技术对中药进行质量分析和品质评价具有传统中药检测方法无法比拟的优点。目前该技术主要有两种：分子杂交和PCR扩增技术。据报道，广东某大学利用该技术已建立了冬虫夏草DNA鉴别方法，可以说准确无误。有专家预测不久将来DNA标记技术将会成为继光谱色谱后在质量标准研究领域内又一重要的常规技术方法。
从以上分析可见，分子生物学技术的应用将是实现中药现代化的关键步骤，随着研究的深入，这一高新技术在中医药领域也将会发挥其巨大作用，产生无可估量的社会和经济效益，同时这也是当今世界高科技发展的焦点之一。为此，在GAP中药材生产上引入现代生物工程高新技术也是加速实施中药现代化的目的之一。
中药材是整个中药事业的一个领域，引进和导入当今高科技的生物工程技术，势必引起中药材研究和发展的一场变革。除了会使中药材的研究发展有长足的进步之外，它将促使整个中药传统研究开发利用上发生一个新的突破，产生一个新的飞跃。
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