事君几年中，黄元御并不得意，这种心情在《四圣心源·序》中说得非常明白：“顾自己巳以至壬申，历年多矣，元草未就，则天既长与以穷愁之境，而不频假以萧闲之日，帝眷之隆，何可恃也？良时非多，勖之而已。”繁庶之务使他没更多的时间完成著述，黄元御为荒废了这许多宝贵时光而深自惋惜。此后的日子里，他更是惜时如金，全身心地投入到著述中去。
乾隆十八年（1753），黄元御四十九岁，春二月，取张仲景著作中的方药加以笺解疏证，著《长沙药解》四卷，载药一百六十一种，方二百四十二首。乾隆十九年（1754）三月又撰成《伤寒说意》十卷。该书以传经入说，辩论分析，多启迪后学门径。同年六月八日，撰成《玉楸药解》八卷，以补《长沙药解》之未备，他在该书中首创了用浮萍治疗瘟疫的疗法。至此，黄元御已完成医书八部，即后世所称《黄氏八种》，时年五十岁。因过度劳神，此时的黄元御已是身疲神怠，门人毕武陵请笺注《素问》、《灵枢》，“自唯老矣，谢曰不能”。
乾隆二十年（1756）初春，在门人毕武陵的再次推请下，黄元御着手笺释《素问》，至十一月书成，计十三卷，定名为《素问悬解》。此书中的“五运六气，南政北政”之说，大为发前人之未及。乾隆二十一年五月二日，黄元御完成《灵枢悬解》九卷，五月十六日至二十二日，用七日时间撰毕《难经悬解》二卷，此即所谓黄氏医书三种，合前八种，共计十一种。另尚有《玉楸子堂稿》一书，为黄氏医案、杂著。
黄元御不但深于医学，道学、经学造诣亦相当深厚。乾隆二十一年（1757）二月，他在从事医著之余还应友人澹明居士之请写了《道德经解》一书，诠释其哲理，发挥其奥义。本年六月，又在精研易理十余年的基础上完成《周易悬象》一书，阐发阴阳八卦爻辞变化之理。四库馆臣评其《周易悬象》谓“近人说《易》中，独可谓学有根据。”给予了很高的评价。
乾隆二十二年（1758），黄元御在行医、著述生活中因过度劳累，身体中虚，渐成重症，抱病回到故里，居于昌邑城南隅书斋，至乾隆二十三年（1759）九月十七日戌时，溘然长逝，时年五十四岁，归葬新郭祖茔。
黄元御自三十六岁开始从事著述，苦心经营近二十年，著书十四种，他的医书十一种在其去世后不久，即由四库全书编修周永年进呈，全数收录，民间亦有刊本，尤其是在江南等省，凡悬壶行医者，无不知黄元御，被称为“医门大宗”、“一代之大医”，其史事轶闻广为传载。宣统间《山东通志》，民国初年赵尔巽等《清史稿》皆为其立传，民国十二年（1923）昌邑学商各界捐资为之修整坟园，呈请入祀乡贤祠。并于悬城西南门外及墓地立碑志念。黄元御终于象其先祖黄福一样，名列正史、身登乡贤，垂范千秋。
《伤寒悬解》是由清代著名医家黄元御（1705-1758）撰著的一部医学著作,是一部主要从六气角度解释伤寒论的著作。
该书开始酝酿于乾隆二年（1737），乾隆十三年四月（1748）开始撰著，七月草成，计十五卷。
该著作现已收录于中国中医药出版社出版的《黄元御医学全书中》。
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