中医哲学本质上就是中国传统哲学，主要是道、儒哲学（包括易学）在医学领域的运用。看起来好像十分单纯，没有什么独立意义，故历来不被哲学家和近代医家重视。
可是，回顾百余年来，西学横扫世界，中医却始终屹立，近更灿然振兴，蔚成一大奇观。细细品味，不禁使人惊醒，原来许多科学和哲学观念上的重大突破正要从这里开始，而中医学的健康发展也必须与中医哲学的再认识同步。许多从西学看起来不可理解，类似丑小鸭的东西，其实正是中医和中医哲学元创性的表现。
如何看待中医学与中国哲学的特殊关系
凡是多少接触过一点中医理论的人都会知道，中医学有很强的哲学性，甚至有人主张将中医学视为一种哲学。这突出地表现在阴阳、五行和气的理论上。它们既是中国哲学的重要范畴，同时又是中医学的基础理论。两千多年来，它们支撑中医学术的发展，使中医学从理论到实践，都有了长足的进步，终于成长为一个内容极为丰富，不仅有明显疗效，而且具有自己独特优点的庞大医学体系。
在阴阳五行和气的理论中，充分体现着中国传统深层的思维方式和认识方法。这种思维方式和认识方法又通过这些理论，深深地渗透到整个中医学术体系的各个方面。而那些深刻的内容集中地凝聚在《周易》和老庄的著作里，所论“天下随时”（《随·彖》），“道法自然”（《老子》第25章），“立象尽意”（《系辞上》）这三项原则，正是中国认识论的精华。因此，唯有懂得了它们，才能真正把握中医学的活的灵魂。隋唐时代的大医药学家孙思邈尝言：不知《易》，不足以言太医。所说极是。
?中医学至今仍与哲学相贯
在西学思想充斥一切学术和教育领域的现时代，如果不弄通并确然相信中医学的科学道理和价值，就不能真正理解和确认中国传统哲学的认识论，即科学思维；引而申之，也不可能全面和准确理解中国的人文精神。很明显，中医学是中国传统科学的代表，不承认中医学是科学，就不可能承认中国有自己的科学传统；不承认中国有自己的科学传统，自然不可能在中国传统哲学中找到有独立价值的认识论；即使勉强找到了一点儿，也是一些或真或假与西方认识论相似的东西。由于中医学与中国哲学之间有不同于西方模式的特殊关系，所以如果仅仅承认中国有自己的科学传统，却不认真研究中医学的方法和理论基础，那也难于弄清楚中国传统认识论的实质。
从古至今，中医学与哲学有特别紧密的关系，甚至有些内容相互交错，这是一个令人关注的事实。
众所周知，科学与哲学有不可分割的联系。无论什么科学，都会自觉或不自觉地接受某学的导引和约制。在这一点上，东方和西方，过去和现在，概莫能外。而且，古代西方与东方一样，也曾有过哲学与原始科学混融在一起的时期。但是后来，西方的各门具体科学陆续从哲学的母体中分离出去，成为独立的学科，从此与哲学泾渭分明，在理论和概念上不再纠缠不清。
应当说，中国古代的哲学与科学也走过从混融到逐步分离的过程。至迟到西周，医学已成为独立的知识系统。但是中医学至今仍保留着阴阳五行而与哲学相贯，这一点与西医和西方科学却很不相同。有人据此认为，中医学始终没有摆脱古代的朴素性，仍然停留在前科学的阶段。中医学要现代化，要成为科学，就必须与哲学彻底分离，甩掉那些哲学范畴。
这种主张看上去很有道理，但仔细分析起来，却是一概以西方学术为标准而忽略了中医学和中国哲学的特点。
?二者均以自然整体观为基础
概略地说，中国哲学是时间哲学，或自然整体哲学；中医学是时间医学，或自然整体医学。中国哲学和中医学所坚持的整体是完全的本始的整体，是自然的演生的（时间的）整体，故特称自然整体。（西医构建的是合成—空间整体。）这样的整体有一个重要特性，就是全息。意思是，整体的每一局部都含有整体的全部信息。基于这种观点，中国哲学和中医学认为人是一个小宇宙，人身上的基本特性与生出人的天地宇宙有对应关系，可以相互参照。
关于这一点，张介宾说：“人身小天地，真无一毫之相间矣。今夫天地之理具乎易，而身心之理独不具乎易乎？矧天地之易，外易也；身心之易，内易也。……医之为道，身心之易也，医而不易，其何以行之哉？”（《类经附翼·医易义》）“易”指《周易》之易，即变易及变易之理。天地之易与身心之易有一致性，所以可以也应当运用天地之易来行医道。天人相应、医易相通，并不是由于中医学和中国哲学朴素、幼稚，而是因为它们建立在自然整体观的基础之上，是自然整体观引出的结果。如果不是建立在自然整体观的基础之上，其哲学之理与具体科学之理也不可能如此相通。
自然的整体观强调整体决定局部，部分由整体生出，因而主张从整体看局部，又称“以大观小”。这样做，就是把事物放在整体的联系之中加以观察，从而能够揭示事物内外的整体关系。由于是自然的整体观，即时间演生的整体观，所以把事物放在整体的联系之中加以观察，就是放在天地宇宙大化流行的联系之中加以观察。对于医学来说，医家看人，不仅把人本身看作一个整体，强调人之整体对人之局部起决定作用，首先更要把人和天地万物看作一个整体，强调人是天地宇宙的一个部分，为天地所生，为天地所养，无论从发生还是从生化的角度，天地对人都保有决定作用，故人之整体要受天地整体的制约，人与天地有应合关系。
这就是说，坚持自然整体观的中医学，其基本的出发点是以天地宇宙的视角来体察人的生命过程。因此，为了揭示人与天地万物的整体联系，说明人身内外如何受到宇宙大环境的决定和影响，就必须运用一些整体性哲学的范畴居高临下地来考察人的生命过程。然后以此为导向，再进一步研究人之生命各项具体的生理病理规律，以及它们与各种天然食物、天然药物的关系。而阴阳五行理论对天地万物进行整体归类，就体现了从天地整体看万物局部的原则。
《内经》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。”（《素问·阴阳应象》）王冰注：“阴阳与万类生杀变化，犹然在于人身，同相参合，故治病之道，必先求之。”所求病之本，指人身之阴阳，而人身之阴阳又是天地之阴阳在人身中的贯彻。《内经》强调，人身病之本，以及人身生命之本，与天地相通，受天地决定，必须以天地运化的大视野来加以观察和考定。这段经文和注文充分体现了中医自然整体观“以大观小”的原则。
应当看到，阴阳五行一类的哲学范畴概括的是天地万物，所以具有极大的普遍性，但它们与西方哲学范畴不同，它们的功能不在于代表某种严格固定的高度抽象的共性，而是以某种具体的动态性能为标准为某类事物规定了一个范围。凡具有该种具体的动态性能的事物就以其自身之全部归属于那一类。
?二者关系不同于西医与西方哲学关系
中国传统哲学是自然整体哲学，同时也是“象哲学”。它不仅强调现象的本体意义，而且用意象思维，即“立象尽意”的方法，而不是抽象方法来构建它的范畴。所以中国哲学的范畴是意象范畴，而不是抽象范畴。哲学“象”范畴也有极大的概括性，但不是通过高度抽象，而是依据具有某种普遍性的具体关系来建立其范畴，从而获得概括性。如五行是按照与四时（细分为五时）的感应关系来规定属木、属火、属土、属金、属水五大范畴。因此，木性、火性、土性、金性、水性五大范畴既具有极大的概括性、广普性，同时又不超离现象，而就在现象之中，不过是现象的归类。阴阳和“气”也有同样的性质，它们既具有普遍性，同时又是感性的实在。
基于此，阴阳五行一类的哲学范畴不仅适用于天地大宇宙，同时也适用于人身小宇宙。由于它们所规定的是某种具体的动态性能，所以它们无论应用于天地大宇宙，还是人身小宇宙，都能说明一定的具体关系。而且，由于是整体划分和归类，凡具有该种具体的动态性能的事物就以其自身之全部归属于那一类，因此，被归属的那些具体事物的特殊性自然也都被容纳到该范畴之中。
这样，就使得阴阳五行一类的哲学范畴具有了两重性：一方面，它们有能力概括天地万物，具有极大的普遍性，因而无愧为哲学范畴；另一方面，当它们运用于具体事物时，它们又有可能容纳和显示该种具体事物的特殊关系，成为关于该种具体事物之知识体系的组成部分。正是由于这种两重性，通过阴阳五行范畴，又可以将那些具体事物与天地整体联系起来，从而实现对事物自然整体的观察。而中医学是象科学，它研究的是关于人之生命的现象层面的规律，也就是自然整体层面的规律，所以中医学与阴阳五行一类的整体性哲学范畴相衔接，就成为自然而然，理所当然的了。
西方传统哲学和西医学的整体观是空间整体观。由于着眼空间，所以强调整体的合成性，可分解性，强调整体由部分构成，部分决定整体。于是形成从部分看整体的思维模式，或可称之为“以小观大”。这样，充分认识每一个整体，就被归结为充分认识整体的每一个组成部分。西医认识人体，就是走的这样一条路线。沿着这样的认识路线，科学分科，包括西医学的分科就越来越细，而与天地宇宙的整体联系也就越来越远（除宇宙学）。它们需要的是，用对象的构成部分来说明对象，而不大关心包容对象的更大整体乃至天地对该对象的影响。所以西方科学，包括西医学，虽然在思维方式上与西方哲学一脉相通，但在具体内容和范畴上，则各归各类，无须搭界。
西方高度抽象的哲学范畴，当然也可以应用于具体事物。但是这种范畴无论应用到什么地方，都只代表一种严格固定的内容极为空疏的抽象共性，而不涉及具体事物的特殊本质。它寓于特殊，但自身中绝不含容特殊，所以不能说明实际事物的任何具体特性和具体规律。这就是说，任何具体事物的特殊本质只能通过自己来说明自己，而丝毫不能借助哲学。这是抽象思维带来的必然结果，也是西方哲学与具体科学各自独立、分离的实际表现。
由上可见，自古以来中医学与中国哲学之间特殊紧密的关系并不是缺点，而是自然整体医学的特点。这就像汉
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