两种菖蒲应区分菖蒲药用有石菖蒲和九节菖蒲两种。石菖蒲因其属于蒲类，绿叶昌盛，生于石旁而得名。九节菖蒲则属于另一种草本植物，古代文献称“一寸九节者良”。
石菖蒲：又名水剑草、水蜈蚣、山菖蒲。为天南星科植物石菖蒲的根茎。其性味辛、苦，微温。能祛湿化痰、芳香开窍、和胃安神。主治痰湿蒙蔽清窍、神昏谵语、忧郁健忘、气闭耳聋、心胸烦闷、神志不宁、胃脘腹痛、噤口痢疾等。凡阴虚阳亢者忌服。药理证实石菖蒲有镇静及抗惊厥、促进消化液的分泌、抑制胃肠异常发酵、弛缓肠管平滑肌痉挛、扩张支气管、镇咳平喘祛痰，强身益智和增强脑区域性代谢功能的作用，对致病性皮肤真菌有抑制作用。
九节菖蒲：又名小菖蒲、京菖蒲、节菖蒲，为毛茛科植物阿尔泰银莲花之根茎。其性味辛，微温。能温化痰湿、开窍醒神、和中开胃。主治热病神昏谵语、癫痫痰厥、多梦健忘、脘腹痞满、呕吐恶心等。
药性比较：两药均有开窍醒神、和中开胃的作用；而石菖蒲偏于化痰安神，九节菖蒲偏于温化痰湿，可以替代应用。
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