中西医世界观与方法论的不同，决定了中西医在认识人体和诊疗疾病上的差异。 中西医的共同点有三：都是基于物质而形成与发展的；都只研究了复杂物质世界的一个方面，而且都采用了使复杂问题简单化的方法；目的都是为了疗效，即为了人类的健康。为疗效而存在，为疗效而发展，综合考虑近期疗效、远期疗效、不良反应等，使患者收益最大化。在这三个共同点基础上，又有物质层面、研究方法和解决临床问题的差异。此文仅就中西医在认识物质与研究方法上的差异进行探讨。
认识物质上的差异
元气论的世界观决定了中医必然走向宏观，原子论的世界观决定了西医必然走向微观。所以，中医研究的是宏观世界，西医研究的是微观世界。人体确实有宏观的一面，也有微观的一面，所以中西医都必须承认自己有不足。中医限于当时的科技水平，只能通过感官直接感知和研究宏观的物质世界，对人体的研究也以肉眼解剖所见的结构为基础。
中医认识人体是宏观的
中医将人体各部分看作是相互关联的、恒动的、整体的、宏观的。这些尽管粗浅的解剖学知识已可支撑起中医学科的发展。若没有肉眼的解剖学作为基础，中医一定会“言之无物”，不可能形成现在的以脏腑为中心的理论体系。所以说中医是基于肉眼所见物质而形成与发展的，并研究这些物质的相互关系和发生、发展、变化规律。有人认为中国哲学和中医学的“气”看不到摸不着，怀疑“气”的存在。其实“气”并不难理解，因为“世界是物质的，物质是运动的，运动是有规律的”，可以将“气”理解为“物质的运动”。这个“运动”不只指物质的位置变化，而是指物质的发生、发展、变化等运动规律。正如《素问·气交变大论》云：“善言气者，必彰于物”，即凡物皆有“气”，“气”是物质的运动形式。物质的生长化收藏或生长壮老已或萌生、长大、变化、衰老、灭亡五阶段循环，这一运动规律即是“气”，即物质的运动形式。
西医认识人体是微观的
西医将人体一分再分，直至时下科技水平所能达到的微细结构与成分。受世界观的影响，西医追求物质微观层面的精细，中医追求物质宏观层面的运动规律和相互关系。宏观认识到的一面与微观认识到的一面肯定会有重叠的部分，这就是两者的内在联系，但宏观与微观毕竟是两个不同的世界。宏观世界与微观世界是相关、相通的，但又不是对等或是有分歧的。如将复杂生命体分割后，局部功能之和小于整体功能。分割后有利于从微观层面更深刻地了解生命，但同时又失去了整体层面的某些功能和信息。不能说整体层面看到的是错的，也不能说微观层面看到的不对。认识到宏观世界与微观世界是相通的但不是对等的，有利于中西医之间相互学习与包容。因为相通就有了相互学习的基础，不对等就需要相互包容。
回顾人类文明进程，每次大的历史性跨越都基于“新物质”，物质的进一步利用、新物质的发现、新材料的出现、新机器设备的制造等。近几百年来，现代科学技术的进步和人类文明的跨越式发展，也离不开“新物质”。西医近一百多年来的高速发展和对人类健康做出的卓越贡献，也基于“新物质”，由此才有了人体结构、成分的新发现和新药物的合成等。在此基础上，西医未来还会有进一步的发展和贡献。面对一系列前所未有的“新物质”，中医如何应对？作者认为，应用取象比类法及由此形成的阴阳五行、脏腑经络等理论来研究这一系列新物质的运动规律和相互关系，既能保持中医的“魂”又可弥补西医在这方面的不足，包括微观与宏观之间哪些“相通”哪些“不对等”等。
研究方法上的差异
基于不同的世界观，中西医分别采用了不同的方法论，都取得了巨大贡献。但我们必须清醒地认识到，中西医都仅仅是研究了人体的一个方面，而且都采用了使复杂问题简单化的研究方法。
中医以肉眼所见为基础，通过取象比类法重点研究脏腑等全身组织的功能及相互关系，建立了以脏腑经络学说为核心的理论体系，对保障人类的健康做出了卓越贡献。比如“肺与大肠相表里”，采用西医学的还原分析法是很难发现“肺”与“大肠”的密切关系的。再如经络系统的真实存在和实用性，到目前为止以还原分析法借用最先进的仪器设备都发现不了其存在。一个复杂的活体，一旦被分割为简单的孤立部分，可能就失去了某些重要信息而“面目全非”了。西医学借用现代仪器设备将人体一步步分割，建立了细胞学说，并确定了细胞的遗传物质“DNA”，这是中医学使用取象比类法所不可能实现的。
由于还原分析法主要是对物质世界微观实物的清晰描述，取象比类法主要是对物质世界的宏观感悟得到的运动规律和相互关系，使中西医在研究方法上有以下不同特征。
中西医思维方式不同
还原分析法“看到”的世界或物质可以在大脑中直接瞬间呈像，取象比类法“得到”的世界或物质运动规律和关系需要一个感悟过程后才慢慢在大脑中成象的。“瞬间呈像”使人感到轻松，通过感悟过程“慢慢成象”使人感到吃力。所以，学西医直观、清晰、易学，学中医抽象、模糊、难学。西医对孤立性、静止性事物采用的是单因素的线性思维，中医对整体性动态变化性事物采用的是复杂多因素的系统思维。线性思维与系统思维的易难程度相差甚大。
中西医认识事物的角度不同
中医主要关注宏观世界的物质运动规律和相互关系，西医主要关注微观世界的物质精细结构和成分。找到事物运动规律和相互关系是一个非常艰难和漫长的过程，而对一个“实体”的清晰描述相对要快且容易得多。比如，了解到原始森林能演变为煤炭这一物质运动变化规律，要比清晰描述原始森林和煤炭难且漫长得多；了解到“肺与大肠相表里”这一脏腑关系，要比清晰描述肺和大肠难且漫长得多。这即是西医在近现代借助先进的仪器设备能快速发展，而中医千百年来发展相对缓慢的原因。
中西医的结果形态不同
西医的结果可实证、可量化、可重复，而中医则与之有别。西医追求的是整体被分割后得到的“微观实物”或“靶点”，中医追求的是活着的整体状态下的抽象规律。“微观实物”能实证能量化，抽象规律难以像微观实物一样去实证和量化。整体中的局部在限制可变因素的条件下得到的“微观实物”易被重复，故西医“可重复”的是“微观实物”。中医是研究活着的自然状态下恒动的整体“运动”规律的。规律是看不见摸不到的，却是客观存在、反复起作用的，故中医也“可重复”，重复的是“规律”而不是“微观实物”。比如《伤寒论》的六经辨证规律，中医并不清楚是何种病菌、病毒引起的病证，但只要按六经辨证来治疗，单独使用中药就普遍有效，完全具有可重复性。这就是规律与疗效的关系，彰显了规律的伟大。西医将复杂的人体分割为简单的部分进行研究，故很多内容是可以建立线性的统一标准的。中医不破坏人的复杂整体，又主张形神统一、身心兼顾，还强调人与大自然和谐统一、复杂恒动，其最高境界是个体化。若勉强用西医的标准使中医标准化，将会失去很多“信息”。
中医与西医以上三个方面的不同，不存在优劣高下之分，纯属不同学科的特征。世界是多维的，中西医不应因上述学科特征的不同而相互否认。中医重视相互关系，西医重视客观数据，离开关系的数据会降低价值，没有数据的关系则显得空洞。中西医在很多方面恰恰是能够互补的，应携手探索生命中的未知。
关系“统筹”数据，数据“支撑”关系，可成为中西医结合的方向。我们应承认在复杂的生命面前，医学还很稚嫩，因为即使中西医结合一起发力，仍有不少临床问题得不到解决。应警惕滥用“研究结果”，如还原分析法得到的实验结果，没经过临床检验就将其视为“正确标准”，就如同“吃什么补什么”的取象比类未经临床检验而被盲目扩大使用一样。只有经长期临床检验才能确定其正确性合理性。医学的目的是疗效，疗效是检验真理的唯一标准。若不以“疗效”作为唯一正确的证据，而以某种“研究结果”作为唯一正确的证据“夸夸其谈”，出发点就错了。
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