中医学的发展就是认识到了个人生理功能存在差异的生物基础，又深入探讨了多种差异复杂的社会背景。
中医基本理论以哲学为基础，借用中国传统学术的类比思维、辩证思维、整体观念，以阴阳、五行、元气及暗示、简洁、联想学说，来解释人与自然的关系和人体内部脏腑之间的关系，阐明有关人体疾病的病理、诊断、预防、治疗等问题，指导临床实践。
中国中医学不仅是一门理论体系完整的疾病治疗学科，还是一门社会学科，是社会学体系中的重要“要素”或重要组成部分。社会学以社会本身作为研究对象，即研究整体社会，或局部社会，包含社会的某一些方面、某一些领域、某一些层次。社会学试图用科学的方法研究社会，揭示社会规律。严复先生说过：“群学何？用科学之律令，察民群之变端，以明既往、测方来也。肄言何？发专科之旨趣，究功用之所施，而示之以所以治之方也。”“群学者，将以明治乱，盛衰之由，而于三者（正德、利用、厚生）之事操其本耳” （《群学肄言》）。
宏观上，社会学秉持科学的态度，使用科学、哲学的方法来研究人类社会。主要着眼于构造社会的各种要素，尤其是社会的起源、发展、成熟与变迁和各种社会现象，或者社会制度、系统、活动、关系、运作程序、团体等方面，以便寻求普遍性规律、基本原则和内在原理。
微观上，中医学的“厚生”本质，对社会现象、社会公民的体质素养，影响巨大。“厚生”见《尚书·大禹谟》中，“正德，利用，厚生，惟和。” 孔颖达注疏指出：“厚生，谓薄征徭，轻赋税，不夺农时，令民生计温厚，衣食丰足，故所以养民也。”
所以人与社会的关系甚为密切，人组成了社会，每一个人都生活在特定的社会中，社会环境也会给人以影响，包括人的身体，这就带来了一系列医学问题。因此，中医学的发展就是认识到了个人生理功能存在差异的生物基础，又深入探讨了多种差异复杂的社会背景。
中国哲学作为中国文明社会体系的基础，其形而上的思维方式，孕育了中医学。中医基本理论以哲学为基础，借用中国传统学术的类比思维、辩证思维、整体观念，以阴阳、五行、元气及暗示、简洁、联想学说，来解释人与自然的关系和人体内部脏腑之间的关系，阐明有关人体疾病的病理、诊断、预防、治疗等问题，指导临床实践。在历史长河中形成的中医学的思维模式，深刻地影响了中国社会，同时也构建了中医的理、法、方、药一系列基本理论。
中医的整体观念
整体是与局部相对而言。所谓整体，实际上即是各个局部的统一性和完整性。中医的整体观念，来源于中国哲学。古代思想家将“整体”称之为“全”或“统体”，孔子在川上说：“逝者如斯夫，不舍昼夜”（《论语》）。任何事物都是如川似流，运行不绝，生生不息的。老子论道：“有物浑成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不怠，可以为天下母。吾不知其名，强字之曰道，强为之名曰大。大曰逝，逝曰远，远曰返”（《道德经》）。
这里的“返”，相当重要。“返”者，通“反”，老子说：“知足不辱，知止不殆。”又说：“是以圣人去甚，去奢，去泰” （《道德经》）。这些学说，都可以从“反者，道之动也”这个学说演绎出来。中国医学里的阴阳一体、阴阳互根、相互转化，就是哲学医学生动的诠释。
自然界和人类社会的任何事物，发展到了一个极端，就反向另一个极端。用黑格尔的话说，一切事物都包含着它自己的否定。《易传》说：“寒往则暑来，暑往则寒来。”《系辞传》又说：“日盈则仄，月盈则食。” 冯友兰先生指出，这个理论对于中华民族影响很大，对于中华民族在其悠久历史中胜利地克服所遭遇的许多困难，贡献极大。
中医的类比思维
中国传统学术的“观物取象”，渗透到了中医思维的整个过程。中医把天、地、人、时的统一关系作为研究对象，建立了系统的理论框架，涵盖了阴阳五行学说的抽象思维，以取类比象作为直觉思维和推演的形象思维基本模式。中医之所以形成富有特色优势的理论体系和诊疗方法，从根本上说，是由中国传统特有的思维方式所决定的。而一个民族的思维方式，恰恰是这个民族的文化基因。
中国古代类比思维，主要是指古人受天人合一理念的影响，在对自然界观察的基础上，将具有相似或相同特征的事物划为一类，并在类的基础之上进行比较和推导。中国的学术传统中还有一种“观物比德”的说法，就是把人与物类比。用物的外部特征与内在属性来类比人的品德、志行。如《论语》：“子曰：知者乐水，仁者乐山。知者动，仁者静。知者乐，仁者寿。”“水”类比“动”“乐”之气概；“山”类比仁者“静”“寿”之风致。
在《内经》和《难经》中，大量运用了类比思维的方法。《内经》就是在类比思维基础上建立起来的同类相推、异类不比的类比性质的理论体系。按照墨子的说法：“异类不比，说在量。”明确提出“异类不比”的原则，即异类不能相推。《内经》提倡的同类相推，如《素问·示从容论》曰：“夫圣人之治病，循法守度，援物比类，化之冥冥，循上及下，何必守经。”又如，《阴阳应象大论》说：“以我知彼，以表知里，以观过与不及之理，见微得过，用之不殆。” 类比思维，同类相推，是中医学理论的重要特色。
中医的辨证论治
辨证论治是中医诊断疾病、治疗疾病的基本方法，是中医临床各科的诊疗特点，也是中医学的基本特点之一。它是古代哲人为了保养生命和治疗疾病做出的一种创造，也是中医理论框架和临床治疗的主体部分。
所谓辨证，即是将通过四诊搜集得来的所有临床现象包括症状和体征，在中医基础理论指导下，进行分析、综合，辨别疾病的原因、性质和部位，以及邪正之间的关系等，然后做出结论。所谓论治，就是在辨证的基础上，经过进一步思考而确立治疗法则。辨证是确定治疗原则和方法的前提和依据；论治是治疗疾病的手段和方法，也是检验辨证是否正确的基础。丰富的临床经验积累、升华，正像朱熹说的那样：“问渠那得清如许，为有源头活水来”，辨证论治恰恰是中医学理论与实践相结合的纽带，同时也是其最重要的体现。
中医的元气本体论
气是中国古代哲学范畴系统中一个最重要的最基本的范畴，是运动的、至精至微的物质实体，是构成宇宙万物的最基本元素，是世界的本原，也是运动的客观存在。中医认为，气不仅是宇宙的本原，同时也是生命的本原。先秦《鹖冠子·泰录》中说：“天地成于元气，万物成于天地。”明代思想家哲学家王廷相在《慎言·道体》中说：“天地未判，元气混沌，清虚无间，造化六元机也。”元气论的特点是整体性、连续性、无形性、功能性、化生性。董仲舒在《春秋繁露·王道第六》说，气即是本始之气，“元者，始也”。
《素问·宝命全形论》曰：“夫人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人。人能应四时者，天地为之父母，知万物者，谓之天子。”就是说，生命的由来，乃是源于天地之气，也就是说天地之气赋予人以生命。中医的元气本体论，归根到底，恰如明代名医张景岳所总结的：“盖阴阳之道，同气相求。”
中医的阴阳学说
《洪范》说：“天地之气，合而为一，分而阴阳，判为四时，列为五行。”阴阳学说认为宇宙间任何事物都具有既对立又统一的阴阳两面，经常不断地运动和相互作用。这种运动和相互作用，是一切事物运动变化的根源。阴阳学说包含了中国古代朴素的唯物论和辩证法思想。《素问·阴阳阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，故治病必求于本。”阴阳是一切生命运动的原动力，中医的阴阳概念，阐述了宇宙间一切事物的生长、发展和消亡，这一切，是事物阴阳两个方面不断运动和相互作用的结果。中医理论体系中处处体现着阴阳学说的思想，阴阳学说构成了中医理论体系的基础，并成为其重要组成部分。《灵枢》说：“明于阴阳，如惑之解，如醉之醒。”说明了阴阳学说在中医理论中的基础地位，其实，也是理解中医学理论的一把重要的钥匙。
中医的五行学说
五行最早见于《书经·洪范》中，“五行，一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼稽作甘。”中国古代贤哲对事物进行分类，而称之为五行。五行学说后来在中医学得到应用，特点是着重以五行的特性，分析研究人体的脏腑、经络、生理功能，利用五行属性和相互关系，阐释它们在病理情况下的相互影响。
中医的暗示、简洁和联想
中国语言学上有许多修辞方法。这些方法是通过修饰、调整语句，运用特定的表达形式以提高语言表达作用的方式和手法。其中比喻就有暗示或暗喻（隐喻)、明喻、借喻、博喻（又名复喻）、倒喻（又名逆喻）、反喻、互喻（又名回喻）、较喻（可分为强喻，弱喻）、譬喻、曲喻、饰喻、引喻等等，很含蓄，又很丰富。
中国的哲学语言一个明显特点就是富于暗示。哲学上不是给人以演绎推理的概念，如同冯友兰先生所说的：“哲学家不过是把他所见的告诉我们，正因为此，他所说的也就文约义丰，正因为此，他的话才富于暗示，不必明确。”中医也有这方面特点。譬如在《伤寒杂病论》中，张仲景就非常善于运用简洁、联想、含蓄的比较法、分类法、分析法、综合法、推理法，通过形象思维的一系列探讨，存有许多解释空间，“辨证论治”，从而更好地把握临床。
事实上，许多中医观念虽然非常简洁，但都不是非常明确。历史上有数不清的医家，他们不断诠释、注解理论，在前人的学术体系下，不是简单的学术、学说翻版，也不是新医学思想的冲动，而是在前人暗示的学术体系下一种观念、思路的联系、联结，往往还不乏独创。
哲学上有一种学说，叫“模糊性思维”。所谓模糊思维，是指在思维的过程中，通过使用模糊概念、模糊判断和模糊推理等非精确性的认识方法所进行的思维。模糊思维的内涵没有明确的界定，却给人以很大的解释空间和联想的余地。思维和思维预测，往往是由复杂的、非线性的世界的客观性质所决定的。中医学的思维就具有这方面的特点。
有思想的人不仅需要有精确的、严格的推理和运算能力，还应具有整体性的、模糊的、近似的判断和思维能力，才能应对复杂的世界。尤其是中医学，思维的暗示、简洁和联想的分析，不仅形成了中医自身主体的思维模式，也造就了中国医学在世界医学体系中至今独有的个性和特点。
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