《伤寒论》少阳证的症状之一是寒热往来，关于其形成的机理在中医学教材解释为“寒热往来是指患者自觉恶寒与发热交替发作的症状，是正邪相争，互为进退的病理反映······因外感病邪至半表半里阶段时，正邪相争，正胜则发热，邪胜则恶寒，故恶寒与发热交替发作，发无定时。”病因为外感病邪至半表半里阶段，用“正胜则热，邪胜则寒”来解释寒热往来的机理，比较难理解。然而，正胜则发热，如果把正气换作卫气，似就明白的多了；“邪胜则恶寒”，按伤寒病的病因及传变当指寒邪，如果把邪字换作寒邪，就明白多了。邪，寒邪，占了上风，卫气受束，方可恶寒；正，即指卫气，其占了上风，与邪争胜，方可发热。
少阳病恶寒发热的因素是卫气的胜负，不应理解为正邪的胜负。邪胜一词具主动性质，如何就胜了呢？什么力量推动呢？在外部环境一定的情况下，这是不可思议的；反观，它的“胜”，无非是正气的虚弱，在一定时段处于正虚无力抗邪状态，使寒邪占了上风，卫气受束，所以恶寒。此时的发热是卫气郁的病理表现，但具积极的意义，正胜是机体主动调节的结果，正气也是决定恶寒和发热的性质、轻重以及形式的内在决定因素。所以，少阳证之所以出现寒热往来，是寒邪进入了少阳层次后，与正气相持不下，正气进则寒退而发热，正气退则寒进而恶寒。这样的说法，看似接近了寒热往来的本质，强调了正气的进退是决定性因素，也符合唯物辩证法“内因是变化的根据，外因是变化的条件，外因通过内因而起作用”。至此，关于少阳证之寒热往来机理的理解就清楚了。
至于小柴胡汤治病机理，《伤寒论》对小柴胡汤功用的定义是“和解少阳”，张仲景并未将相关条文作解释，只是后人的理解。盖因少阳证的主症是寒热往来，以及方中寒热药物并用，所以称为和解少阳。但这样理解不是根本性的解释。且看中医学教材所述少阳证的机理实质是“邪入少阳，枢机不利，胆火内郁，三焦阻隔”；据此何以得出需用“和解”之法。利枢机即是和解吗？解胆经郁热、通利三焦即是和解吗？我们应该把少阳证的机理重新思考，作出更明了的定义，并依此进行对小柴胡汤治病机理的再认识。
少阳证是机体正气虚弱，寒邪侵入少阳，正邪相持，正气与邪气进退反复，少阳枢机不利的特定病理状态。少阳枢机不利的原因，一是脾胃运化不健，该阶段有脾胃虚弱症状；二是太阳经气不利，恶寒发热交替出现的根本原因实仍卫表不和，只不过机体同时出现了正虚及少阳枢机不利，所以恶寒发热的形式不像太阳表实证恶寒发热那样剧烈，也不像阳明燥热实证只发热不恶寒。
少阳之气，郁则生热；郁则气滞胁下满，神情默默；犯胃则气逆而呕，食欲不振，口苦；犯脾则腹痛；津液输布异常则咽干便结等，凡三焦胆经所涉脏腑皆可或多或少的被影响。导致少阳证最关键的矛盾还是正气虚，抗邪乏力。那么，针对这样的病机，可以制定出相应的治疗法则，虚则温补，郁则疏解，热则清之，寒则散之。概言之，即扶正驱邪。依此小柴胡汤的组成中人参、甘草、大枣是温补正气药组，合生姜既温胃又散寒邪；柴胡得春季少阳生发之气，为和解少阳之主药，辛凉解郁而调达木气，黄芩合柴胡解少阳郁热；半夏辛燥，合生姜降逆止呕，温化痰饮。至此，全方扶正祛邪、辛开苦降、条达少阳、疏利三焦的功能明白无疑。将小柴胡汤的治病机理概括为“扶正驱邪，条达少阳，和畅三焦”比 “和解少阳”是否更明确了呢？本来，张仲景在示人“少阳证”的条文中就明白地呈现了正气虚弱的病机状态，如《伤寒论》第97条“血弱气尽，腠理开，邪气因入，与正气相搏，结于胁下。正邪分争，往来寒热，休作有时，默默不欲饮食。”以及第143条讲在经期时，邪气乘虚侵入血室等，都说明正气虚弱即是少阳证的决定因素。
基于以上思考，是否可以把少阳证寒热往来的机理明确定义为“机体正气虚弱，寒邪侵入少阳，正邪相持，正气进退反复，少阳枢机不利”，把小柴胡汤的治病机理明确定义为“扶正祛邪，条达少阳，和畅三焦”。如此，少阳证寒热往来的机理及小柴胡汤治疗疾病的机理可以更加清晰。
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