在数十代九芝堂人的不懈努力下，现代的九芝堂股份有限公司已拥有１２家子公司，两家分公司，１００多家连锁药店，已经成为国家重点中药企业，国内A股上市公司，设有国家博士后科研工作站企业，获得国家商务部的“中华老字号”称号，“九芝堂”商标也成为中国驰名商标。企业竞争力2004年在中国上市公司医药行业深沪两市排名第2位，在深市排名第一位。
九芝堂经历了３００多年的发展历程，几百年来对湖湘及周边地区的卫生保健和防病治病起到了重要作用，但是目前仍存在一些影响发展的困难：比如，用现代西方科学来评价中医药理论，使中医药发展受到严重限制，而九芝堂也正在不断加大对传统生产工艺、传统配方的整理、完善与传承，同时也正积极回收九芝堂诸多流失于民间的历史文物。
中医药发展的危机引起了党和国家的高度重视。中共湖南省委、湖南省人民政府在2007年3月作出的《关于加快中医药发展的决定》中提出扶持九芝堂等中医药企业的发展。九芝堂作为惟一一家企业代表在湖南中医药发展大会上作主题发言。
保护九芝堂传统历史文化古迹，整理和挖掘传统中药炮制工艺、传统制药工艺、传统古方秘方，光大和弘扬九芝堂“药者当付全力、医者当问良心” “悬壶济世、利泽生民”的文化理念已成为现代九芝堂人未来的神圣使命。
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