有些药物作用于肠道，阻碍食物消化吸收而导致脂肪性腹泻、水盐代谢紊乱等。如新霉素、氨基水杨酸钠等可引起维生素B12吸收不良，从而导致巨细胞性贫血，新霉素还可使肠道内的脂肪和钾、钠、钙、磷等元素的排除增加；四环素、阿斯匹林等可使维生素C从尿中排泄加速；长期服用磺胺药及某些广谱抗生素会抑制肠道内正常菌群的生长，而导致维生素K和B族维生素缺乏；石蜡油可影响胡萝卜素及维生素A、D、K的吸收；卡那霉素、多粘菌素、杆菌肽等可导致肠道吸收不良而发生腹泻。
某些药物长期使用可刺激胃肠壁上皮细胞，导致胃肠粘膜充血、水肿、糜烂、溃疡及出血，出现缺铁性贫血及维生素C、叶酸吸收障碍。如消炎痛，保泰松等解热镇痛药可引起胃肠粘膜糜烂、浅表溃疡而致出血；长期大量使用强的松等肾上腺皮质激素，可促使胃酸及胃蛋白酶分泌，引起胃肠道出血或使原患溃疡症加重或出血；利血平、氯化钾、胍乙啶等均可使胃酸及胃蛋白酶分泌增多而发生胃贵疡及出血。
一些药物可损害肝细胞，阻碍肝脏代谢、合成、转化等功能，影响营养物质在体内的代谢和利用，产生代谢性营养不良。如长期使用洋地黄容易导致肝脏积蓄药物残毒而慢性中毒；抗癫痫药苯妥因钠或苯巴比妥可破坏维生素D的生存代谢，干扰钙的吸收利用而引起佝偻病或骨软化症；四环素、肾上腺素及某些抗肿瘤药物可抑制肝脏合成蛋白质的功能而引起脂肪肝；雷米封、利福平、丙咪嗪、异唑肼、呋喃坦啶等容易直接损害肝细胞，引起胆汁郁积性黄疸。
此外，还有一些药物干扰了机体内其他物质的合成，以及体内微量元素的动态平衡失调而产生营养不良症。如双氢克尿塞能促进钾、镁、锌的排泄而致缺乏症；抗酸药氢氧化铝、氢氧化镁可与食物中的磷酸生成不能吸收的磷酸盐，使一些长期服用这类抗酸药的病人出现一种磷缺乏症，骨骼疼痛甚至发生软骨化症。防范药物性营养不良的根本措施在于合理用药、安全用药。有病一定要遵照医嘱，在使用某些药的同时，适当补充相应的维生素及其他营养物质。还应密切观察有无不良反应，必要时可减少、调换或停服药物，切忌擅自加大用药剂量和延长用药时间。
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