迁延性和慢性腹泻的消化道功能紊乱与营养不良有密切关系。营养不良患儿由于胃肠道形态和功能改变，对营养物质的吸收发生障碍，容易引起腹泻；而腹泻患儿由于肠蠕动亢进和食物消化功能受影响，水和营养物质的吸收受影响，容易出现营养不良。营养不良和腹泻两者互为因果，往往造成恶性循环，终致腹泻迁延不愈。
急性感染性腹泻多为一过性的，当感染已经控制而腹泻仍迁延不愈时，胃肠道功能紊乱转变为主要原因。关于严重营养不良引起的胃肠功能紊乱可从以下几个方面加以分析：
(1)胃肠道形态和功能改变：患严重营养不良时，全身脏器都会发生形态和功能的改变，在消化道可见胃粘膜萎缩、胃液酸度降低，这种改变可使胃杀菌及屏障作用明显降低，有利于胃液和十二指肠液中的细菌和酵母菌大量繁殖。十二指肠、空肠粘膜变薄，刷状缘变浅，上皮细胞由柱状变为立方形，营养不良伴有腹泻者，这种改变不易恢复。胰腺分泌的酶活力低于正常，如脂肪酶、胰蛋白酶、糜蛋白酶和淀粉酶均有减少。此外可引起严重的肝脂肪浸润及肝脏肿大。
(2)营养物质吸收障碍：营养不良容易合并小肠吸收不良症。因胃肠道粘膜萎缩，可导致各种双糖酶减少和引起双糖酶缺乏症而引起腹泻。
(3)小肠内细菌异常繁殖对胆酸的影响：严重营养不良的患儿，十二指肠中有厌氧菌和酵母菌的过度繁殖。腹泻时，小肠上段所有细菌都显著增多，并由于大量细菌对胆酸的脱结合作用而使游离胆酸的浓度大为增高。高浓度游离胆酸有损害小肠细胞的作用，以致营养不良和腹泻患儿易于发生肠道细胞形态与功能的紊乱。
(4)机体免疫和防御功能降低：严重营养不良削弱了机体免疫和防御功能，在胃肠道可见胃、小肠粘膜萎缩、胃酸过低等，使消化道的屏障功能降低，而容易引起腹泻；分泌型IgA降低，局部免疫功能减弱，使胃肠道容易发生感染，是造成慢性腹泻的另一原因。
总之，营养不良患儿由于消化道粘膜萎缩、消化酶活力降低、小肠细菌过度繁殖、游离胆酸比例增高以及机体防御功能降低等因素可以导致腹泻反复发作。所以，营养不良的婴幼儿易患迁延性和慢性腹泻。
此外，某些慢性炎症性肠道疾病，如特发性溃疡性结肠炎和肉芽肿性小肠结肠炎、胰腺囊性纤维性变及粥样泻等均可发生慢性腹泻；近年来发现特异性消化吸收缺陷，如先天性双糖酶缺乏，不能水解饮食中的糖，促使糖聚积于肠内并形成有机酸，导致高渗性腹泻，表现为慢性腹泻；急性感染性腹泻多为一过性，但如宿主不能产生正常免疫反应，反复接触感染病原，或因严重肠道感染损伤了肠粘膜，则急性腹泻可转变为慢性腹泻。
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