大多数学者认为，病因学对预后的意义有限，认为病因明确或不明确与预后之间无明显关系。
（1）脑肿瘤 由脑肿瘤引起的癫痫，其预后取决于肿瘤的性质、部位、大小及能否根治等因素；另一方面，即使肿瘤被根除，但由于手术遗留的疤痕仍可成为致痫灶。近几年随着肿瘤外科治疗水平的提高，其预后也有明显的改善。有学者随访了115例脑瘤合并癫痫并经手术治疗的病人，癫痫发作完全控制者占31%；26%的病人只是在术后第1年内曾有几次癫痫发作，以后很少发作，同时有肿瘤复发；16%的病人癫痫发作无改善。还有人报道，脑膜瘤伴发癫痫的病人，手术后癫痫发作完全控制者占50%，25%的病人发作明显减轻，其余25%的病人癫痫发作未改善，由转移性脑肿瘤引起的癫痫，其预后肯定不良。
（2）脑血管病 老年性癫痫患者，其主要病因为脑血管病（如脑动脉硬化、脑出血、脑梗死等），少数脑瘤或脑转移瘤所致。有关脑血管病引起的癫痫的预后问题，长期随访报道较少。有人认为脑血管病引起癫痫发病率较低，预后较差，约60%的患者可以完全缓解，且复发率较低。但是有人报道，脑血管病，特别是天幕上脑梗死的急性期限生癫痫者预后不良，癫痫复发率高达60%。脑梗死急性期有癫痫发作者，其死亡率为30%。
（3）外伤性癫痫 有关外伤性癫痫的缓解率，各家报道不一致。其预后尚决定于外伤的部位、性质、昏迷持续时间、脑损伤的程度有无颅内感染等因素。在较轻的头部外伤后数分钟内出现的癫痫通常只发作一次，以后不再发作，这种癫痫发作预后最佳。外伤后只发作几次的病人，预后良好。
（4）脑炎 脑炎的急性期常伴有不同程度的癫痫发作，部分脑炎病人痊愈后也可出现癫痫发作。一般病人服用抗癫痫药物均可控制发作，预后比较好。有人报道，脑炎和脑膜炎伴发癫痫的患者，脑炎或脑膜炎痊愈后53.3%的病人癫痫发作可完全缓解，但严重脑炎后遗症伴有频繁癫痫发作者预后不理想。
（5）脑囊虫病 脑囊虫病是成人癫痫的常见原因之一，50%-70%的脑囊病人有癫痫发作。国外有学者在1992年对153例病人进行6个月至5年（平均28±6个月）的随访，发现31例非活动期病变者，单独使用抗癫痫的药物便可以使癫痫发作得以控制。122例活动期病变者中95例同时给予抗囊虫药治疗，79例癫痫发作得到控制，未给予抗囊虫治疗的27例中，仅7例癫痫发作得到控制，即单独使用抗癫痫药物治疗的患者，只有26%的病人的癫痫发作得到控制，同时给予抗囊虫治疗的病人，83%的癫痫发作得到满意的控制，因此，由脑囊虫病引起的癫痫，其预后关键在于抗囊虫治疗。
（6）其他病变 由于分娩时或出生后因素致病者，即伴有器质性脑损伤，如脑出血、先天性脑发育不全、大脑性瘫痪及精神缺陷等，其预后不良。某些先天性疾病，如结节性硬化症、脑三叉血管瘤病、神经纤维瘤病等，预后也差。
颅外病因引起的癫痫，其预后与原发病有关。如酒精中毒并发癫痫，若中毒状态和癫痫均得到充分治疗，其预后良好；胰岛细胞腺瘤被有效地切除，低血糖状态被纠正，其预后也好；作为慢性肾病中尿毒症的并发症，相应的预后不良。
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