病毒性脑炎的诊断主要依靠临床，因此病人或家属应尽量详细介绍发病后的情况。医师通过了解病情、神经系统查体以及必要的辅助检查可以明确诊断。此时，家属要积极配合医师及早为患者明确诊断，以便对症治疗。
为了明确诊断，首先要进行急诊头部CT检查，主要排除有无脑出血或脑内肿瘤；同时为腰椎穿刺（腰穿）做准备，若CT未发现占位性病变，腰穿就不容易发生脑疝等危及生命的情况。其次是腰穿检查，这是诊断病毒性脑炎必不可少的手段，很多家属对腰穿不能理解或接受。腰穿的主要目的是采集脑脊液，通过化验脑脊液可以了解有无炎症反应，并初步可判定感染的类型。病毒性脑炎或脑膜炎脑脊液改变表现为脑脊液压力增高，细胞数大多在（1～500）×106/L，早期以中性粒细胞
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