由于脓肿发生的位置不同，临床表现也不尽相同。但一般的症状是，当发现肛门直肠周围有一个小硬块或肿块，继则突然局部出现剧烈疼痛难忍、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、里急后重、大便秘结、排尿不畅，有直肠刺激症状。并随之出现如体温升高、食欲不振、寒战、神疲乏力等全身中毒症状。一般1 周左右即可形成脓肿，在肛门周围或直肠内指诊可以触到波动、柔软的脓腔。此时用注射器穿刺可抽出脓液。如行切开排脓处理，或自溃流脓后，局部疼痛等症状就会缓解或消失，体温下降，全身情况改善。上述是细菌感染引起肛门直肠周围脓肿的主要症状。
结核性肛门直肠周围脓肿的临床表现常常是慢性发病，脓肿经数周或数月才能形成、局部疼痛不剧烈，伴有低热，破溃后流出的脓液呈清稀乳白色，脓口凹陷，常有多个流脓的外口，经久不愈。全身检查可找到结核病灶，脓液培养可发现结核杆菌。
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