虽然疮疡重于内消，但在内服汤剂，外敷药物治疗效果不显，已形成脓肿时，则宜配合手术处理，以排出脓毒，除去病灶，促使疮疡早日愈合.特别是肛管直肠周围瘘管性脓肿，更应在脓肿已成时早施手术，再配合内外治法治疗。
由于病情不同，证候各异，手术方法也有多种多样。一般来说，有刀法、烙法、注射法、挂线法、结扎法等。分别应用于痔、肛管直肠周围脓肿、肛瘘、息肉、肛裂等疾病。在手术操作过程中，各种手术方法可互相配合使用，同时必须严格消毒，注意出血和刀晕等事项。一旦发生上述情况，应积极采取措施进行处理。
1.开刀法
常用于外痔和肛瘘的切除、脓肿的切开引流等。如对脓肿切开，排出脓液，使毒随脓泄，肿消痛止，逐渐愈合。如不及时手术排脓，使脓毒内蓄，侵蚀好肉，还会腐烂筋骨，寻隙外窜，形成新的脓肿，不仅延长病程，甚者可能造成生命危险。所以，《证治准绳•疡科》中说：“若当用针烙而不用，则毒无从而泄，脓瘀蚀其膏膜，烂筋坏骨，难乎免矣。”这里明确指出了刀法是外科手术中的重要措施之一。
临床上根据病种和病情的不同，分别用刀或剪进行切除或切开治疗。而在使用刀法之前，首先应辨明患处脓是否成熟，正确掌握切开排脓的有利时机。如脓未成熟，过早切开，则徒耗气血，而脓反难消;如脓熟而不予切开，则腐烂加深，疮口难敛。
其次，切口位置，应选择在脓肿稍低的位置，可使脓液畅流。如《千金方》中说：“破痈口，当令上留三分，近下一分。”这说明了刀法必须低位引流的原则。
第三，一般脓肿的切开方向，宜循经直开刀头向上，免伤血络;肛门直肠部宜放射状切开，如离肛门较远，宜弧形切开，瘘管则应根据管道方向而切开，切莫盲目动刀。总之，应以不损伤肛门直肠功能和不造成肛门畸形为原则。
第四，切开的深浅，应根据脓腔的深浅和患部肌肉的厚薄来决定。脓在浅部，如皮下脓肿、粘膜下脓肿、低位肌间脓肿、低单瘘等，都宜浅切开;如脓在深部，皮肤较厚，如坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠间隙脓肿、直肠后间隙脓肿等，宜深切开，以得脓为度。总之，按病变部位而定。如脓深而浅切开，则内脓不得外出，反伤气血，以致邪毒走泄;如脓浅而深切开，则脓毒虽除，好肉也会受伤，均为不当。
最后，切口的大小，应视其脓肿范国的大小和病变部位肌肉的厚薄而定。凡是脓肿范围大、脓腔深而肌肉丰厚的，切口宜大;脓肿范围小、脓腔浅而肌肉薄的，切口宜小。一般切口不能过大，以防损伤肛管直肠环，或愈合后形成疤痕较大，影响肛门功能;但也不能过小，以免引流不畅，脓水难以排出，拖延治愈日期。
操作时，在腰俞麻醉或局麻下，通过指检确定脓肿的范围和部位，于脓肿顶部，考虑引流通畅的部位，根据病人具体情况，确定切口的方向、深浅和大小，做不同形状的切口，切开皮肤和皮下组织，敞开脓腔，放尽脓浓;并应用探针从切口处探查，看有无内口。如有内口，应在不损伤肛管直肠环的原则下，沿探针作放射状切口，切开脓腔与内口之间的表面组织。如遇搏动性出血，可用丝线结扎止血，最后以凡士林纱条填充引流。如脓腔瘘道行经肛管直肠环部，则应配合挂线治疗。
2.烙法
祖国医学中的烙法，是应用针和烙器，在火上烧灼后，进行手术操作的一种方法。现代医学则采用电灼法。烙法适用于高位带蒂息肉和无恶变的广基息肉，也可用于止血。
病人清洁灌肠后，医者将乙状结肠镜伸入直肠，直至肿瘤或出血处，使肿瘤在视野内，再取下目镜，在直视下将电灼器尖端接触肿瘤烧灼。电灼时，宜用吸引器随时吸出血液、粘液或烟雾。有蒂肿瘤，可用胶圈套扎器扎于蒂上，切除以后，再用电灼。电灼时，不可烧灼肠壁过深，以免组织坏死，引起出血或穿孔。
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