一般来说按照水果中所含糖分及水果酸的含量，水果可分为：酸性、亚酸性、甜性三类。在植物学中，果实可以分为两大类，即肉果和干果。依据果皮变化的情况，肉果又分为核果、仁果、浆果；干果又分为裂果、荚果、蒴果、角果、闭果、翅果、坚果、双悬果、颖果。
现在主要是按果实形态结构和利用特征并结合生长习性来分类，大致分为核果类、仁果类、浆果类、柑果类、坚果类、热带及亚热带水果类和瓜果类等。
核果类
核果是由单心皮上位子房发育而成，外果皮薄，中果皮肉质化．内果皮坚硬，食用部分是中果皮。因其内果皮硬化而成为核，故称为核果。主要包括桃、杏、李、樱桃、梅、橄榄等。枣和杨梅也是核果，但毛叶枣和杨梅一般又归八热带及亚热带水果类。
此外，还有牛油果、椰枣、芒果、西梅、神秘果、余柑子、山杏、樱桃李、人面子、锡兰橄榄等也属核果类。
果类
仁果类即梨果类，果实的食用部分主要由花托发育而成，果实中心有薄壁构成的若干种子室，室内含有种仁。可食部分为果皮、果肉，植物学上称为假果。仁果类包括苹果、梨、山楂、海棠、花红（沙果）、枇杷、油柑、楹桴等。其中枇杷在植物形态学上应为仁果，但一般又归人热带及亚热带水果；而农业部标准NY-5182-2005《无公害食品常绿果树浆果类果品》将之归为浆果。
浆果类
浆果是由单心皮或多心皮合生雌蕊，上位或下位子房发育形成的果实，外果皮薄，中果皮和内果皮肉质多浆，内有一枚或多枚种子。如葡萄、草莓、猕猴桃、石榴、桑椹、柿子、无花果、树莓、醋栗、穗醋栗（黑加仑）、越橘等落叶果树的果实以及香蕉、番术瓜、龙眼、荔枝、杨桃、火龙果、黄皮、人心果、西番莲（鸡蛋果、百香果、热情果）、蒲桃、莲雾等常绿果树的果实。浆果类是成熟后果肉呈浆液状的一大类果实的总称。依据果肉为浆状这一特点进行分类，并不能真正反映该果实的构造特征，因而它包括了一些构造不同的果实。
柑果类
柑果类包括橘、柑、橙、柚、柠檬五大品种。此类果实是由若干枚子房联合发育而成的，其中果皮具有油胞，是其他果实所没有的特征。食用部分为若干枚内果皮发育而成的囊瓣（又称瓣囊或盆囊），内生汁囊或称砂囊（由单一细胞发育而成）。
坚果类
坚果果实、果皮坚硬，内含一粒种子。这类果实外有坚硬的壳，含水分少、脂肪及蛋白质多，所以又称为壳果或干果。主要有核桃、山核桃、板栗、榛子、松子、腰果、开心果、鲍鱼果、杏仁、巴旦杏、夏威夷果、龙眼、莲子、芡实、银杏、栎子、油橄榄、香榧等。其中板栗、榛子、栎子属典型坚果；扁桃、核桃、油橄榄等因果实多脱去果皮后而成坚果状，故归人坚果；白果、香榧、松子等实系种子而非果实，但一般也归入坚果；莲子、芡实、龙眼、荔枝等按果皮的构造可归为坚果，但是龙眼、荔枝的食用部分为假种皮，一般不归人坚果。
热带厦亚热带水果类
此类水果有香蕉、菠萝、芒果、榴莲、山竹、红毛丹、椰子、人参果、刺梨、龙眼、荔枝、木菠萝（菠萝蜜）、枇杷、黄皮、番术瓜、番石榴、番荔枝、杨桃、杨梅、橄榄、油橄榄、腰果、牛油果、火龙果、莲雾、毛叶枣、海枣、油瓜、罗望子（酸角）、槟榔、爱玉子等。
瓜果类
此类水果有西瓜、哈密瓜、香瓜、白兰瓜等。
其他类
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