果树分类的方法有多种，如按园艺学分类、按植物学分类、按叶的生长期分类、按果树植物的生长习性分类、按果树植物适宜的栽培气候条件分类等。
按园艺学分类
最简单的是将果树分为水果和坚果两大类。
按植物学分类
就是将果树按植物自然分类系统进行分类。1979年初步统计，中国共有果树为59科，158属，670余种。其中尤以蔷薇科、芸香科、葡萄科、鼠李科、无患子科、桑科等种类较多，经济价值也最高。从世界果树看，山毛榉科、核桃科、芭蕉科、棕榈科、风梨科、桃金娘科、漆树科、山竹子科、番木科都很重要。以属而论，柑橘属、李属、苹果属、梨属、树莓属、葡萄属、山竹子属、猕猴桃属等都是果树种类较多的属。
按叶的生长期分类
按叶的生长期可将水果分为落叶果树和常绿果树两类。前者主产在温带地区，如葡萄、桃、李、杏、苹果等；后者主产于热带和亚热带地区，如柑橘类、荔枝、枇杷等。
按果树植物的生长习性分类
大致可分成四种：
1、乔木果树，如苹果、梨、核桃等。
2、灌木果树，如树莓、醋栗、越橘等。
3、藤本果树，如葡萄、猕猴桃、西番莲等。
4、多年生草本果树，如香蕉、菠萝、草莓等。
按果树植物适宜的栽培气候条件分类
一般可分为三种：
1、热带果树，如柠檬、芒果、油梨、腰果；而有些如菠萝、香蕉、番木瓜、椰子则喜欢全年雨量分布均匀的气候。中国海南岛的热带果树有香蕉、菠萝、树菠萝、芒果、人心果、椰子、番术瓜等。国外的热带果树还有海枣、山竹子、红毛丹、榴莲、榔色果、番荔枝、番石榴等。
2、亚热带果树，包括畏寒性常绿果树荔枝、龙眼、杨桃、蒲桃、苹婆、柠檬、黄皮等，包括耐寒性常绿果树枇杷、温州蜜柑、金柑、杨梅、橄榄等。落叶性亚热带果树有无花果、石榴等。
3、温带果树，有桃、李、沙梨、柿、葡萄等。
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