在临床上，绝大多数感染了艾滋病病毒的人早期并没有什么异常感觉，只有20%的患者在感染了大量艾滋病病毒后的1个月左右会有类似患流感的表现，如发热、头痛、肌肉酸痛、全身倦怠、淋巴结肿大等。也有些患者会出现荨麻疹、玫瑰疹、斑丘疹等皮肤病的症状。少数患者还可出现脑炎、周围神经炎和急性多发性神经炎，个别患者偶尔会出现肝脾肿大、口腔和食道溃疡或念珠菌感染等。一般来说，患者的上述症状在持续1周左右后可自愈。这段时间被称为艾滋病的急性感染期。急性感染期大约会持续2～3个月，此时患者体内的艾滋病病毒抗体虽然始终为阴性，但却具有传染性。所以，人们在这一时期检查艾滋病病毒抗体，很可能会一无所获。医学上把查不出艾滋病病毒抗体的这一时期叫做艾滋病的急性感染期，也叫做艾滋病窗口期。这就是有些血友病患者输入了处于艾滋病窗口期患者的血液后仍会感染艾滋病病毒的原因所在。当急性感染期的症状消退后，患者体内的艾滋病病毒抗体才开始转为阳性。
通常，艾滋病病毒在人体内为害一段时间后，便进入一个较长时间(一般平均为8～10年)的偃旗息鼓阶段。这个时期就是艾滋病的潜伏期，也叫做艾滋病的无症状持续带毒期。这一时期的患者往往也没有任何不适的症状，但同样具有传染性。随着艾滋病病毒的不断复制，艾滋病病毒感染者的免疫力一步步走向衰退，随之便进入艾滋病前期，也叫做艾滋病相关综合征期。可以说，这一时期的艾滋病病毒感染者将有25%的人最终会发展为艾滋病患者，而且这25%的人距离发展成为艾滋病患者也就剩一年半载的时间了。此时的这部分感染者可有发热、盗汗、全身乏力、淋巴结肿大、鹅口疮、口腔毛状黏膜白斑、血小板减少性紫癜、间歇性腹泻、消瘦等临床表现。随着其机体免疫力的大部分丧失，这25%感染者的症状会逐渐加重，随之便进入了典型的艾滋病期，也叫做致死性艾滋病期，它是艾滋病病毒感染的最终阶段。此时，这些已经成为艾滋病患者的人，其机体的细胞免疫严重缺陷，与此同时，其机体的其他系统也会相继发生各种各样致死性的机会性感染(如患有念珠菌病、隐球菌病、卡氏肺囊虫肺炎等)和恶性肿瘤，其皮肤以及呼吸、消化、循环和神经等系统也会发生严重的病变。在各种各样的感染和恶性肿瘤的折磨与摧残下，这些艾滋病患者最终会形销骨立、大肉尽脱、奄奄一息。进入艾滋病病变期的患者多在1～2年后死于肺炎、卡氏肺囊虫肺炎、卡波氏肉瘤和中枢神经系统感染等疾病。
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