致使机体发病的各种因素，称为病因。土家医对疾病病因有比较深刻的认识，概括起来，可分为瘟气、饮食，劳伤、情志、毒伤、内虚等几个方面。
一、瘟气
瘟气是指因自然界的气候变化失常而产生的一系列致病因素。自然界是人类生存的场所，人类依靠自然界提供的清气、谷气而生存。在长期的生活实践中，人类对自然界气候的特点有系统的认识，并遵从四时气候的变化而居。当气候变化异常时，即形成瘟气，可作用于机体，导致一系列的超过机体抵御功能的病理变化，从而产生疾病。
二、伤食
正常的伙食，是人体气、血、精的主要来源，为人体提供必需的营养物质，以维持机体正常的新陈代谢，饮食有节，则机体生命活动正常，饮食失常，则导致诸多病理变化而产生疾病。土家医谓之“伤食”。
三、劳伤
适度的劳动锻炼有益于机体全身气血的畅通，并可增强肌肉的力量和保持筋骨的强健；适宜的休息，可消除疲劳，恢复体力和脑力，从而保持机体的健康。如果长期劳累过度或缺乏必要的休息，则会导致机体功能紊乱，产生多种疾病，土家医谓之“劳伤病”。
四、情志
情志活动，主要指人的喜乐，惊怒、悲哀，忧悔等，是人们对外在环境各种刺激所引起的不同心理状态，属干正常的情志活动，一般不会使人致病，只有突然、强烈或持久的情志刺激，超过了机体生理调节范围，引起人体机能失衡，才会导致疾病的发生。
情志活动的产生与三元脏器的功能活动密切相关，土家医提倡喜乐有度，悲哀有节，防惊克怒，除忧舒悔，从而保持人体的心脑舒畅。异常的情志变化常可致三元脏器功能紊乱，气血运行紊乱，伤脑提神，从而引起一系列病证。如人惊吓过度，可表现为心慌气乱、腿脚发软。惊骇有如千斤乐顶，使脚不能支撑身体，从而引起许多全身性疾病，土家医称之力“千斤顶”。
临床情志异常，可见神癫、气癞、风癫、霉癫以及恐吓惊骇引起的小儿惊痫等病证。
五、毒伤
毒伤包括天毒、笃毒、生毒和无名之毒四类。毒气所伤，多具发病急、变化快、病情重、易致形体；本损伤等特点。若不及时救治，常致反复发作，或终生残疾，难以康复，其则死亡。
六、内虚
内虚是指机体先天不足，或后天失养，而致气、血、精亏虚，三元脏器功能减退，机体抗病能力不足，常易为各种致病因素侵害而发病，多表现为慢性病证，经久不愈。
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