蒙医药是蒙古族丰富文化遗产的一部分，也是祖国医学的重要组成部分。蒙医以“三根”学说为主要理论基础（三根——赫依、希拉、巴达干），同时还包括阴阳五行、五元学说、七素及六基症学说。蒙医治病方法，除药物治疗以外，还有传统的灸疗、针刺、正骨、冷热敷、马奶酒疗法、饮食疗法、正脑术、药浴、天然温泉疗法等。
13世纪初，成吉思汗统一了辽阔的大漠南北各部落，建立了蒙古帝国，蒙古社会进入了新的历史发展阶段。随蒙古帝国的兴起和强大，同国内各兄弟民族，特别是同汉、藏族之间的往来更加密切，与印度、阿拉伯和欧洲等国家的通商及文化交流也随之开始，蒙古族经济、文化得到了全面发展，蒙医传统疗法及临证用药、理论、实践等诸方面得到了进一步的发展与提高。
17世纪以后，蒙医学家将藏医、印度医学的理论与蒙古传统医药结合起来，编撰了大量的蒙医药著作，为蒙医药的发展奠定了理论基础。18世纪，蒙医学家伊希巴拉珠尔在《甘露汇集》中首次提出了“六种基本病症”理论（赫依、希拉、巴达干、血液、希拉乌素、粘虫）等蒙医独特的“六基症”理论，补充和发展了《四部医典》的内容。
元代饮膳太医、蒙古族营养学家忽思慧，用汉文编著了《饮膳正要》一书，内容丰富，图文并茂，记载了大量的蒙古族饮食卫生及饮食疗法、各种食物、有关验方和营养学方面的内容，此书成为我国最早的营养学专著，生活在草原、森林地区的蒙古人对草药的知识掌握比较多，随着他们与国内兄弟民族和阿拉伯、印度以及欧洲国家之间的经济、文化交流的不断发展，不仅推动了社会的进步，同时也推动了中外医药学知识方面的联系和交流，内地和国外的药物也不断传入到蒙古地区，特别是西域人（泛指新疆和阿拉伯地区）的药物大量进入蒙古地区，1292年元统治者在今内蒙古锡林郭勒盟正兰旗所建的避署行宫设立了“回回药物院”。1576年后，藏医经典著作随西藏黄教传到蒙古地区。古印度大藏经《甘珠尔》、《丹珠尔》于17世纪被译成蒙文，其中包括古代印度“阿输吠陀”（Ayur.Veda）医学巨著。这些医著在蒙医的发展史上发挥了重要作用。
据史料记载：从13世纪到17世纪初，广大蒙古地区出现了不少民间医疗方法及方药，如酸马奶疗法，瑟必素疗法（蒙古语，即用牛羊等动物胃内反刍物做热敷的一种热置疗法），矿泉疗法，灸疗法，拔火罐疗法，正骨疗法，饮食疗法以及民间用药方法是是这个时期的产物。蒙古族饮食疗法也属于蒙医的传统疗法之一。
蒙古族人民中流传着这样一句民间谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补、强身、防病、治病的作用。这是古代蒙古人从长期的生活实践中总结出来的饮食疗法的前身，在《蒙古秘史》中也有这方面的记载。
在药物学方面，蒙医药家们创造了适合于本地区实际情况的独特的配制法和用药法等。同时还吸收了西藏。印度等地区和兄弟民族的药物学理论知识，使自己的药物学理论不断完善和发展。在17～18世纪涌现出很多著名的药物学家、方剂学家和蒙药著作。如伊希巴拉珠尔撰写的《认药白晶药鉴》一书就是内容比较丰富的蒙药学著作；18世纪药物学家罗布桑苏勒和木撰写了《认药学》四部书，即《珠宝、土、石类认药学》《木、汤、滋补类认药学》《草类认药学》《盐、灰、动物类认药学》，主要阐述了药物的形态，为认药、采药和研究药物提供了依据。
蒙医治疗强调“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“调理三根”和“因人、因时、因地制宜”等治疗原则。
蒙医认为：疾病是在各种致病因素的影响下，三根出现偏盛偏衰、失去相对平衡的情况下产生的，只有保持三根互相协调，才能维持人体正常的生理功能
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