脑脓肿应与下列疾病鉴别：
1.化脓性脑膜炎 一般化脓性脑膜炎体温较高，中毒症状和脑膜刺激征较明显，多无定位体征，脑脊液呈化脓性炎症改变等，不难与脑脓肿鉴别。但若脑脓肿与化脓性脑膜炎相伴随，则临床上两者难以严格区别，可采用脑CT加以鉴别。
2.耳源性脑积水 多因中耳感染、乳突炎和横窦血栓形成所致。其特点为颅内压增高而缺少定位体征，病程较长。可采用脑CT检查来与小脑脓肿区分（如无脑CT，也可采用脑室造影）。或小心行腰椎穿刺，压病灶侧颈静脉，如不引起脑脊液压力增高，则提示该侧横窦阻塞（Tobey Ayer试验）。本病经药物抗炎，脱水多能缓解。
3.化脓性迷路炎 为中耳炎并发症，可出现眼颤、共济失调和强迫头位，颇似小脑脓肿。但本病眩晕较头痛严重，眼底水肿，无病理征，经药物治疗数周多好转。
4.脑瘤 一般根据病史、CT、MRI可鉴别，有时需手术才能确诊。
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