脑脓肿的发生率和死亡率仍较高，在抗生素应用前，死亡率高达60～80％，40～70年代由于抗生素应用和诊治方法提高，死亡率降为25～40％。CT应用后，死亡率降低不显著，仍为15～30％，这与本病（特别血源性）早期难被发现，当病人来诊时，脓肿已属晚期，一般手术死亡率与术前病人意识有关，清醒者为10～20％，昏迷者为60～80％。各种疗法都有程度不等的后遗症，如偏瘫、癫痫、视野缺损、失语，精神意识改变，脑积水等。因此，脑脓肿的处理应防重于治，并重视早期诊断和治疗。例如重视对中耳炎，肺部感染及其它原发病灶的根治，以期防患于未然。
影响疗效和预后的因素有：①诊治是否及时，晚期病人常因脑干受压或脓肿破溃而导致死亡；②致病菌的毒力，特别是厌氧链球菌引起的脑脓肿发病率和死亡率均较高，可能与其破坏脑组织的毒力有关；③心源性、肺源性和多发性脑脓肿预后差；④婴幼儿患者预后较成人差。
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