潜伏期数小时至7天，多数为1～2天。志贺氏菌感染的表现一般较重，宋内菌引起者较轻，福氏菌感染介于二者之间，但易转变为慢性。临床上常分为急性和慢性二期。
（一）急性菌痢
1.普通型 起病急骤，畏寒、寒战伴高热，继以腹痛、腹泻和里急后重，每天排便10～20次，呈脓血便，量少，左下腹压痛伴肠鸣音亢进。一般1～2周内逐渐恢复或转为慢性。
2.轻型 全身毒血症状和肠道表现均较轻，腹痛不著，腹泻次数每日不超过10次，大便呈糊状或水样，含少量粘液，里急后重感染也不明显，可有呕吐，有疗程3～6天，易误为肠炎或结肠炎。
3.中毒型 多见于2～7岁体质较好的儿童。起病急骤，病初即可有高热、精神萎靡、面色青灰、四肢厥冷、呼吸微弱而浅表、反复惊厥、神志不清、皮肤花纹，可导致呼吸和循环衰竭，但肠道症状较轻，甚至无腹痛与腹泻，常需直肠拭子或生理盐水灌肠，采集大便检查才发现粘脓便，镜下可见大量脓细胞和红细胞。按临床表现可分为①休克型：主要表现为周围循环衰竭，皮肤发花，口唇青紫，血压明显下降或测不出，伴不同程度意识障碍；②脑型：以严重脑部症状为主，因脑水肿、颅内压增高可发生脑疝。临床表现主要为惊厥、昏迷和呼吸衰竭。早期表现嗜睡、烦躁、频繁呕吐、呼吸增快，后期神志不清、频繁惊厥、血压升高、瞳孔忽大忽小，大小不等，对光反射明显迟钝、消失，呼吸深浅不匀，节律不整，呈叹息样呼吸，最后减慢以至停顿；③混合型：是预后最为凶险的一种，具有循环衰竭与呼吸衰竭的综合表现。
（二）慢性菌痢 病程超过2个月即称慢性菌痢。下列因素易使菌痢转为慢性：①急性期治疗不及时或为耐药菌感染；②营养不良；③合并慢性疾患如胃肠低、胆囊炎、肠道寄生虫病以及机体免疫机能障碍、SIgA缺乏者；④福氏菌感染。
1.慢性迁延型 急性菌痢后，病情长期迁延不愈，有不同程度腹部症状，或有长期腹泻，或腹泻与便秘交替，大便经常或间歇带有粘液或脓血，可长期间歇排菌。
2.慢性隐匿型 有急性菌痢史，较长期无临床症状，大便培养阳性，乙状结肠镜检查有异常发现，也为重要传染源。
3.急性发作型 因某种因素如饮食不当、受凉、劳累等而诱致慢性患者呈急性发作者，症状一般较急性期轻。
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