1．主要病理：卵巢子宫内膜异位症。卵巢内膜异位病灶可分为以下两型：
(1)微小病变型：卵巢的表面及表层可见灰红色、棕色或蓝红色斑点及小囊，囊肿仅数毫米大小，有时可融合成桑葚样结构，并有反复地穿破及出血，与周围组织黏连甚紧。手术剥离时有咖啡色黏稠物流出。
(2)典型病变型：由于异位组织侵及卵巢皮质，在卵巢皮质生长，随月经周期激素的变化反复出血，形成单个或多个囊肿，形似宫腔积血。囊内压增加时，囊壁可出现小裂隙，内容物溢出，引起局部炎性反应及组织纤维化，导致卵巢与邻近器官紧密黏连而固定于盆腔不能活动。卵巢内可具有多个小腔，小腔之间有正常的卵巢结构，卵巢可因色素沉着，纤维增生而成为少血管的囊肿壁。囊肿较大时，壁内仅少部分尚光滑，而大多部分粗糙，上覆灰黄色、咖啡色或棕红色的小斑块。
囊内液呈黑色、柏油样、巧克力色，有时也可以鲜红色。因为囊内积血也可发生于卵巢黄体囊肿出血，因此确诊要靠组织学的证实。
卵巢子宫内膜异位症的镜下特点变化很大，有时缺乏典型的组织学改变。在卵巢表面的异位病灶，大多能见到较为完整的腺体组织；病灶较小的部位，也能看到类似正常的”内膜组织。
内膜组织侵入肌层如同树根样在子宫肌组织问掺杂增生，周围没有脑膜样结构。这种组织对雌激素具有增生反应，但很少表现分泌反应。这些病灶中腺组织可周期性脱落出血，血可顺腺体流入官腔与月经同时排除，也可闭积于不通官腔的腺体内，形成小的陈旧性血灶和小血池。散在性的称腺肌病，集体成团的称腺肌瘤。
2．恶变的病理：子宫内膜异位症恶变的病理诊断，不同的病理学家在掌握标准上下尽相同。Sampson在1925年提出的卵巢子宫内膜异位症恶变的诊断标准被广泛采用的标准为：在卵巢上见到良性子宫内膜异位症。发生癌必须是腺癌。必须见到由良性过度到恶性的移行区。典型者在卵巢子宫内膜囊肿的内壁出现乳状或息肉状赘生物，或出现实质区域，切面灰白，质地脆。实性区较大时，应考虑卵巢子宫内膜样癌来自子宫内膜位恶变；镜下组织类型与子宫内膜中的同类癌相同，但一般分化较好，多为子宫内膜样腺癌、腺角化癌及透明细胞型腺癌，少数为腺鳞癌及腺肉瘤。对于子宫内膜异位症恶变的病理诊断，不同的病理学家在诊断标准上不尽相同。Sampson在1925年提出的卵巢子宫内膜异位症恶变的诊断标准被广泛采用的标准为：在卵巢上见到良性子宫内膜异位症。生癌必须是腺癌。必须见到由良性过渡到恶性的移行区。典型者在卵巢子宫内膜囊肿内壁出现乳状或息肉状赘生物，或出现实质区域，切面灰白，质地脆。实性区较大时，应考虑卵巢子宫内膜样癌来向自子宫内膜异位恶变。镜下组织类型与子宫内膜中的同类癌相同，但一般分化较好。多为子宫内膜样腺癌、腺角化癌及透明细胞型腺癌，少数为腺鳞癌及腺肉瘤。
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