萎缩性鼻炎分为原发性和继发性两种。前者病因目前仍不十分清楚，后者病因则明确。
1、原发性萎缩性鼻炎：
原发性者的病因目前尚未清楚。
传统的观点认为本病是某些全身性慢性疾病的鼻部表现，如内分泌紊乱、自主神经功能失调、维生素缺乏（如A、B、D、E）、遗传因素、血中胆固醇含量偏低等。
细菌，如臭鼻杆菌、类白喉杆菌等虽不是致病菌，但确是引起继发感染的病原菌。
近年研究发现本病与微量元素缺乏或不平衡有关，免疫学研究则发现本病患者大多有免疫功能紊乱，组织化学研究发现鼻粘膜乳酸脱氢酶含量降低，故有学者提出本病可能是一种自身免疫性疾病。
总之，原发性者的病因目前尚未清楚。
2、继发性萎缩性鼻炎：
目前已明确本病可继发于以下疾病和情况——
（1） 慢性鼻炎、慢性鼻窦炎的脓性分泌物长期刺激鼻粘膜；
（2） 高浓度有害粉尘、气体的持续刺激鼻粘膜；
（3） 多次或不适当鼻腔手术致鼻粘膜广泛损伤（如下鼻甲过度切除）；
（4） 鼻特殊传染病，如结核、梅毒和麻风等疾病损害鼻粘膜。
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