慢性华支睾吸虫成虫主要寄生在终宿主肝内二级以上分支的胆管内，严重感染者胆囊、总胆管，甚至胰腺管内也有成虫寄生。成虫的机械性损伤和代谢产物是致病的主要因素。华支睾吸虫与胆石症、胆管炎、胆囊炎、肝硬化有着密切的因果关系，与原发性肝癌也密切相关，长期患病可导致儿童营养发育不良，生长发育障碍。
临床表现：反复多次小量感染或急性期未得到及时治疗，均可演变为慢性华支睾吸虫病。在病史中常有急性期的症状。慢性华支睾吸虫病最常见，一般其病隐匿，症状复杂。亦有无明显临床症状而以肝硬化呕血为首发症状者。临床上可将慢性华支睾吸虫病分为轻、中、重三度。
急性期病人一般起病急骤，畏寒发热、右上腹痛、腹泻及肝肿大等。血常规检查可见嗜酸性粒细胞增多，部分病人可有黄疸，血清转氨酶升高。
慢性病人以纳差、腹胀、腹泻等消化道症状为主，肝脏肿大，晚期病人及有合并症的病例症状比较复杂。
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