梨形鞭毛虫病感染后潜伏期约12～15d，有的不出现症状，有症状者多以腹泻和吸收不良为主要再现，急性期典型症状是暴发性水泻、恶臭便量较多，腹胀、腹痛、肙气、呕吐、粪便中肉眼看不见脓血，但镜检可找到脓细胞。红细胞及滋养体或包囊一般急性期历时3～4d，但也有的病例迁延不愈，持续数月或反复发作，以致吸收障碍，明显消瘦。
人体感染鞭毛虫病后，潜伏期平均为1～2周，最长者45天。相当一部分不出现任何临床症状，成为带虫者，有出现轻微症状者，亦有出现严重症状者，其临床表现以腹痛、腹泻、厌食多见，典型患者表现为以腹泻为主的吸收不良综合征，可有爆发性水泻，恶臭、无脓血，含大量脂肪颗粒。儿童久病不愈可致营养不良、贫血、发育障碍等。如寄生在胆道系统，可出现胆囊炎或胆管炎。若不及时治疗，多发展为慢性，表现为周期性稀便，反复发作，大便甚臭，病程可长达数年。
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