肠梨形鞭毛虫感染后症状的轻重，与虫株毒力和人体状况有关，当受染者胃酸缺乏和全身性免疫球蛋白低下时易发病。病变部位的不同症状有很大差异，有的仅为无症状带虫者，有的则可导致严重的吸收不良综合征。根据发病的缓急和病程长短，本病分为急性、亚急性和慢性三种。
梨形鞭毛虫病分三类
1、急性期，症状类似急性肠炎，表现为上腹及全身不适，腹泻，排恶臭的水样便，粪内偶见粘液，极少带血，并有痉挛性腹痛、腹胀、恶心等，病程3～4天，幼儿患者病程可持续数月，出现吸收不良、脂肪泻、贫血、体重减轻。
2、亚急性或慢性期，症状表现为间歇性稀便，食欲不振。腹胀或腹部痉挛性疼痛。其他症状可有恶心、厌食、嗳气、烧心、头痛、便秘和体重减轻等，粪便内无脓血和粘液。在幼儿可出现营养不良和发育障碍。
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